Trogir založili grécki kolonisti niekedy v 3. storočí pred Kr. Veľký rozvoj zaznamenalo za čias rímskej vlády, kedy sa stalo významným prístavom. V 9. storočí uznával Trogir zvrchovanosť chorvátskych vládcov, medzi Trogirom a Chorvátskym kráľovstvom boli čulé obchodné vzťahy. Chorváti potomkom rímskych mešťanov v Dalmácii hovorili Latini. V roku 1123 dobyli mesto Saracéni a skoro celé ho zničili.

Vo vlastníctve mesta sa striedali Byzantínci, Normani a iné ríše. V 13. storočí pripadol na 100 rokov Uhorsku. V roku 1420 ho ovládli Benátky. V roku 1814 sa vrátil pod uhorskú správu a začlenil sa do Rakúsko-Uhorska. S rozvojom turizmu v druhej polovici 20. storočia sa stal Trogir kúpeľným mestom.

V roku 1997 bolo historické centrum mesta Trogir zapísané na zoznam svetových kultúrnych pamiatok UNESCO.