Začiatky dejín Bhutánu sú obostreté tajomstvom. Historici sa domnievajú, že zhruba od 9. storočia územie postupne osídľovali kmene, ktoré prichádzali z Tibetu. V 11. storočí tu vytvorili vlastný štát. V 17. storočí sa Bhután stal kniežatstvom, ktoré bolo závislé od Tibetu, neskôr ho ovládli Číňania. V roku 1772 sa rozhorel spor s Východoindickou spoločnosťou, ktorý, aj keď bol v roku 1777 uzatvorený mier, viedol k vyvlastneniu 18 údolí (v roku 1865) a hlavných dopravných ciest. Tým bola krajina fakticky anektovaná Spojeným kráľovstvom. Roku 1910 sa Bhután stal britským protektorátom. V roku 1949 kontrolu nad zahraničnou a obrannou politikou krajiny prevzala India. Otroctvo v Bhutáne bolo zrušené až v roku 1956. Od roku 1971 je Bhután členom OSN. V krajine je zakázaná činnosť politických strán, jediná bhutánska politická strana Bhutánsky národný kongres sídli v exile v Indii. V rokoch 1990 – 1999 tu platil zákaz sledovania zahraničných televíznych staníc. Až v roku 2000 bol sprístupnený internet. Od roku 2004 je v krajine zakázaný predaj tabaku a fajčenie na verejnosti.