Согласно археологическим свидетельствам, остров был постоянно заселён по меньшей мере 20 тысяч лет. Предположительно Унгуджа под названием Менуфия упоминается в древнегреческом географическом сочинении Перипл Эритрейского моря. В I тысячелетии н. э. остров посещали индийские, арабские и персидские купцы. Это они принесли на Занзибар ислам. В 1107 году на севере была построена первая мечеть в южном полушарии — мечеть Кизимкази. В 1505 году весь занзибарский архипелаг перешёл под контроль Португалии, а в 1698 — под контроль Омана. Наибольшего расцвета султанат Оман достиг в первой половине XIX века при султане Саиде ибн Султане. В 1832 году Саид ибн Султан перенёс столицу в Каменный город на острове Унгуджа. Унгуджа в его правление была крупнейшим торговым центром, где велась торговля по всему Индийскому океану, в первую очередь рабами и гвоздикой, которую выращивали на плантациях прямо на острове.

После смерти Саида ибн Султана в 1856 году Занзибар и Оман стали двумя независимыми султанатами. В 1890 году остров в составе Занзибара стал британским протекторатом, а в декабре 1963 года получил независимость от Великобритании. В начале 1964 года в ходе Занзибарской революции монархия была свергнута, и провозглашена Народная Республика Занзибара и Пембы. В апреле 1964 года Занзибар объединился с Танганьикой, став автономным регионом в составе государства Танзания.