В начале XX века в безлюдном кратере поселился немецкий фермер Адольф Зидетопф со своей женой Паулой и начал заниматься скотоводством и выращиванием пшеницы. В это время в кратере поселилась и небольшая группа масаев, чтобы взаимно помогать друг другу в разведении скота и в отражении нападений хищников. По окончании Первой мировой войны Зидетопф вернулся в Германию. Масаи также покинули кратер — они были выселены, так как среди них могли прятаться браконьеры.

С 1951 года кратер является частью национального парка Серенгети. В 1959 году вне кратера был создан особый заповедник — Охраняемая область Нгоронгоро (англ. Ngorongoro Conservation Area), в котором масаям было разрешено поселение и выпас скота. В 1975 году сельскохозяйственная деятельность в кратере была окончательно запрещена. В 1979 году кратер Нгоронгоро был включён в список Всемирного наследия ЮНЕСКО в качестве выдающегося памятника природы, а в 1981 году признан как биосферный заповедник.

В докладе для комиссии по Всемирному природному наследию 2006 года администрация указывает на то, что растущее количество автомобилей туристов в парке становится всё большей проблемой. На внешних территориях парка то и дело пытаются селиться жители окрестных областей, и неоднократно приходилось устранять нелегальные сельскохозяйственные угодья. В последнее время во всём национальном парке насчитывается до 60 тысяч пастухов с более чем 350 тысячами голов скота. Это гораздо больше, чем возможно прокормить без нелегального выращивания зерна. Правительство Танзании собирается решить проблему путём закупки земель вне парка.