Церковь Сурб Григор с восьмигранным барабаном, построенная в XI веке, является самой древней постройкой комплекса.

Главная монастырская церковь Сурб Аствацацин (Св. Богородицы) построена в 1281 году. В XII—XIII веках к церкви был пристроен притвор (гавит). 16-гранный купол церкви украшен изящной аркатурой, базы колонн которой опираются не непосредственно на карниз, а на вершины орнаментированных треугольных элементов. Этот приём создает впечатление визуальной невесомости аркатуры и самого барабана.[1]

Церковь Сурб Степанос, построенная в 1244 году, напоминает церковь Св. Богородицы, но меньше в размерах. На территории монастыря также находится трапезная, построенная в 1248 году. Здесь находилась царская усыпальница рода Багратуни, от которой сохранились надгробные плиты с именами царей Смбата и Гагика. Рядом с трапезной сохранились остатки кухни, около собора Аствацацин — остатки притвора. На территории комплекса находится несколько хачкаров.

Монастырь Агарцин принадлежал к числу обителей Армении, разрушенных и разорённых в период нашествий турок-сельджуков во второй половине XI столетия. Со второй половины XII в., когда в северной Армении возродилась политическая жизнь армянских феодалов под эгидой грузинских Багратидов, разорённая страна стала быстро восстанавливаться. В первую очередь восстанавливались монастыри. В надписи ктиторами церкви св. Григория выступают вардапет Хачатур и Сукиас.

Историк Киракос Гандзакеци упоминает о событии 1191 года, когда „присутствовал также святой вардапет Хачатур Таронаци (Таронский), настоятель святой обители, называемой Агарцин, муж святой и добродетельный и известный своими познаниями, особенно в области музыкального искусства". По словам историка, до прибытия в этот край Хачатура Таронаци монастырь Агарцин „находился в запустении и в темноте"; он, прибыв сюда, „оживил святую обитель, настоятелем которой он являлся".[2][3] Это был известный армянский средневековый теолог и музыкант. Он стал настоятелем монастыря, здесь же и похоронен.