Британские колонисты прибыли в область, где расположен парк в конце 19-го столетия. В это время у равнин Athi к востоку и к югу от того, где сегодня расположен Найроби, была разнообразная дикая природа. Кочевой народ Масаи жил и пас рогатый скот среди дикой природы. Народ Кикуйю обрабатывал засаженную деревьями горную местность выше сегодняшнего Найроби.

Защитник природы Мервин Коуи родился в Найроби. В 1932 году, возвращаясь в Кению после девятилетнего отсутствия, он был встревожен, увидев сокращение количества дичи на равнинах Athi. Расширение ферм и домашнего скота вытесняло охотничьи угодья. Позже он вспоминал это место как рай, который быстро исчез. В это время область, которая позже стала Национальным парком Найроби, была частью южного Охотничьего заказника. Официально охота была запрещена, но почти любая деятельность, включая выпас рогатого скота, свалки и даже бомбежки ВВС Великобритании была позволена. Мервин Коуи начал проводить кампанию за учреждение системы национальных парков в Кении. Благодаря его усилиям, правительство Кении сформировало комитет для рассмотрения этого вопроса.

Официально открытый в 1946 году, Национальный парк Найроби стал первым национальным парком Кении. Скотоводы Масаи были изгнаны со своих земель, когда парк был создан. Мервин Коуи стал директором Национального парка Найроби и занимал эту должность до 1966 года. В 1989 году Кенийский президент Даниэль Мои сжег двенадцать тонн слоновой кости на территории парка. Этот событие подняло имидж Кении в области защиты дикой природы.