В 66 году н. э. Масада была взята восставшими зелотами, римский гарнизон был уничтожен. В 67 году н. э. в Масаде обосновались сикарии, представители радикальной партии, возглавившей восстание против римлян, вылившееся в длительную Иудейскую войну. В 70 году н. э., после взятия римскими легионами Иерусалима, Масада оказалась последним оплотом восставших. Защитников крепости едва насчитывалось тысяча человек, включая женщин и детей, но они удерживали Масаду ещё три года.

Около девяти тысяч рабов проводили дороги и носили землю для сооружения осадного вала вокруг крепости, штурмового пандуса и площадок для метательных машин и тарана. С помощью с трудом подведённого тарана, римляне пробили внешнюю стену крепости, но натолкнулись на дополнительно выстроенную сикариями внутреннюю оборонительную стену. Когда римлянам удалось поджечь эту стену, состоящую из деревянных балок, участь Масады была решена[1].

Согласно книге Иосифа Флавия, в ночь на 15-е нисана (первый день праздника Песах): Элазар бен Яир произнёс перед евреями пламенную речь и призвал их умереть свободными людьми — предпочесть смерть мучительному и позорному рабству (отрывок их речи Элазара бен Яира, произнесённой в ночь падения Масады (Иосиф Флавий, Иудейская Война, VII, 320—336)):

«Мужайтесь, герои, покройте себя славой! Уже давно постановили мы не подчиняться ни римлянам, ни другим властителям, кроме одного только Бога, ибо только Он истинный и справедливый царь над людьми. И вот настало время исполнить наш обет. Не посрамим же себя в этот час, ведь и прежде душа наша гнушалась рабской долей, хотя тогда рабство ещё не угрожало нам такими чудовищными опасностями. Не предадим же себя и теперь добровольно ни рабству, ни тем ужасным мучениям, которые ожидают нас. Не опозорим себя перед римлянами, не сдадимся им живыми! Мы первые восстали против них и последними покидаем поле боя. Великую милость оказал нам Господь, даровав возможность умереть смертью героев, погибнуть свободными людьми, чего не дано было совершить нашим братьям, пленённым внезапно. Нам же открыто, что ожидает нас завтра, и предоставлено право избрать славную смерть героев — вместе с теми, кто нам дорог. Пусть наши жёны умрут не опозоренными и наши сироты не изведают горечи рабства. А затем сослужим друг другу последнюю службу, окажем последнюю милость, и что может быть, братья, лучше и дороже почётного савана свободы? Но прежде чем умрём, предадим огню наше имущество и крепость. Я точно знаю: римляне огорчатся, увидев, что не взяли нас живьём и обманулись в своих надеждах поживиться добычей. Только съестные припасы оставим не тронутыми, чтобы они свидетельствовали после нашей смерти, что мы не страдали ни от голода, ни от недостатка воды, но сами предпочли смерть рабству — как и постановили заранее….»

В своём описании Иосиф Флавий ссылается на рассказ двух женщин, которые с пятью детьми укрылись в пещере и поведали римлянам о том, как мужчины убили своих жён и детей, а затем по жребию друг друга.

«…затем избрали по жребию десять человек, которым предстояло заколоть остальных. И каждый распластался на земле возле своих мёртвых жены и детей, обхватив руками их тела, и с охотой подставил своё горло десятерым, исполнявшим ужасную обязанность. Эти люди без содрогания пронзили мечами всех, одного за другим. Затем они бросили жребий между собой, чтобы тот, на кого укажет судьба, убил девятерых товарищей, а затем наложил руки и на себя…Так погибли они все с уверенностью, что не оставили после себя ни единой души, над которой могли бы надругаться римляне. Назавтра поднялись римляне на Масаду, и когда нашли груды убитых, не возрадовались при виде погибших врагов, а только застыли в молчании, поражённые величием их духа и несокрушимым презрением к смерти» (VII, 9,1)
Последний из 960 осаждённых поджёг крепость и покончил с собой.

Таким образом последний очаг еврейского сопротивления был ликвидирован. На территории Масады разместился римский легион.

Сопоставление еврейских и римских исторических хроник, а также археологические находки на территории крепости, в числе которых — каменные таблички с именами, использованные в качестве жребия десятью исполнителями последней воли, косвенно это подтверждают[2][3].

Развалины крепости были впервые обнаружены в 1862 году. Основательные же раскопки были проведены в 1963—1965 годах.

Начиная с 30-х годов 20-го века Масада стала местом паломничества путешественников и походов молодежных сионистских движений, а после образования Государства Израиль — одним из мест церемонии приведения к присяге новобранцев ЦАХАЛа. Там, помимо стандартной армейской присяги они произносят фразу, взятую из поэмы Ицхака Ламдана «Масада» — «Второй раз Масада не падёт!».

В 1968 г. Масада была объявлена ​​национальным парком площадью 3400 дунамов, а в 2001 г. ЮНЕСКО объявила ее объектом всемирного наследия. Ежегодно это место посещает около 750 000 посетителей, и оно считается одним из самых популярных туристических объектов в Израиле.