Расцвет монастыря пришелся на XIV век, прежде чем он был заброшен и разрушен в начале XVII века, когда шах Аббас I решил вытеснить местных армян во времена правления династии Сефевидов (1501—1736). Завораживающее здание этой cвятой часовни было завершено в X веке и монастырь имел большое влияние в XIV веке как образовательный и теологический центр, а также стал одним из важных центров армянской каллиграфии в Иране[1].

Поскольку весь регион находился в арене непрерывных войн, особенно во время длительных войн между Персией и Османской империей, армяне региона рассеялись по разным местам, небольшое количество оставшихся постепенно ассимилировалось с местным населением, и, в результате, с 1680-х годов перестал существовать Дзордзорский монастырь. А по окончании русско-персидской войны и после Туркманчайского договора, большая часть армянского населения Артазского района мигрировала и Дзордзор оставался совершенно заброшенным и забытым до 1987 года[2].

В 1987—1988 годах министерство энергетики Ирана приняло решение о строительстве плотины Маку для орошения сельскохозяйственных угодий на реке Зангмар[en]. Поскольку это действие поставило бы монастырь под угрозу, при содействии Организации культурного наследия, ремесел и туризма, Министерства энергетики и с согласия Армянского прелатства Тебриза, монастырь был перенесен в более безопасное место.

Перенос занял около 25 дней, в течение которых каждый камень церкви был пронумерован и перенесен на 600 метров дальше и на 110 метров выше первоначального места. Поскольку некоторые части церкви были разрушены или погребены под грузом грунта, использованного в процессе строительства плотины, для реконструкции были использованы новые камни того же типа, но другого цвета[1].