Афины были крупным и могущественным городом, одной из колыбелей греческой культуры. Во времена золотого века Греции (около 500 года до н. э. до 300 до н. э.) город стал важным культурным центром. После золотого века Афины не утратили своего значения вплоть до расцвета Римской империи.

Философские школы были закрыты в 529 году императором Византийской империи Юстинианом I. За 200 лет до этого в Византийской империи христианство было назначено официальной религией. Афины потеряли былое величие и превратились в провинциальный город. Между XIII и XV веком на город претендуют византийские, французские и итальянские рыцари из Латинской империи. Последними в начале XIII века было образовано Афинское герцогство.

В 1458 году турки захватили город, и он стал частью Османской империи. Население города сократилось в связи с ухудшением условий жизни после падения империи[источник не указан 963 дня]. Многие районы города (в том числе и старинные здания) были уничтожены в течение XVII—XIX веков, а город контролировали несколько группировок[источник не указан 963 дня]. Неблагоприятно сказались на Афинах и частые войны между Турцией и Венецианской республикой в этот период. Так, во время штурма города войсками венецианского генерала Франческо Морозини 22 сентября 1687 года артиллерией венецианцев был разрушен Парфенон[1].

В 1833 году Афины провозглашены столицей новосозданного Королевства Греция (на то время в городе проживало 5 тысяч человек). В 1834 году в Афины прибыл новый греческий король Оттон Баварский. Молодой король имел амбиции отстроить город и вернуть ему былое величие. Приглашённые в Афины Лео фон Кленце и Теофил фон Хансен построили несколько главных улиц в неоклассическом стиле, в том числе площадь Синтагма, Афинский университет, Национальный парк, Выставочный зал «Заппион». В 1896 году на восстановленном стадионе Панатинаикос[2], выстроенном из сплошного мрамора, проведены Первые современные Олимпийские игры.

В начале XX века активизировались археологические и реставрационные работы. В 1920-х годах население города выросло до 2 млн человек, согласно греко-турецкому договору об обмене населением на родину массово возвращались афиняне и их потомки, изгнанные османами из Малой Азии. По Лондонскому и Бухарестскому мирным договорам 1913 года, заключённым по результатам Балканских войн 1912—1913 годов, Греция почти вдвое увеличила свою территорию и население, а Афины очень скоро заняли достойное место среди европейских столиц.

Во время Второй мировой войны Афины оккупировали немецкие войска. Однако после войны в Афинах, как и в Греции в целом, начался период ускоренного развития, который длился до 1980-х годов, когда впервые дали о себе знать проблема перенаселения столицы и проблема транспорта. Вступление Греции в ЕС в 1981 году принесло Афинам не только колоссальные инвестиции, но и целый ряд урбоэкологических проблем. На протяжении 1990-х годов городские власти успешно внедряли современные меры для борьбы со смогом, в результате в городе, смог сегодня не появляется даже при температуре воздуха выше 40 градусов Цельсия. Транспортная ситуация несколько улучшилась с реконструкцией существующих и построением новых магистралей, а накануне Олимпиады 2004 года — новой ветки метрополитена.

Современные Афины — мегаполис с античными памятниками, всемирно известный «ночной жизнью» и торговыми центрами высшего уровня. В 2004 году здесь состоялись 28-е летние Олимпийские игры. В декабре 2008 года в Афинах вспыхнули массовые беспорядки, которые быстро охватили всю Грецию и всколыхнули всю Европу. Поводом к развёртыванию массовых акций протеста, которые нередко перерастали в погромы и беспорядки, стало убийство 6 декабря 16-летнего подростка патрульным афинской полиции. В 2010 году Афины стали одним из основных очагов массовых акций гражданского неповиновения и общенациональных забастовок как протеста против антикризисных мер правительства. В городе работает беспроводная интернет-сеть.