Figurină precolumbiană de aur din Columbia expusă la Metropolitan Museum of Art din New York, SUA

Primele mărturii ale prezenței umane în aceste locuri datează din 1450 BC, când era deja semnalată activitate culturală în apropiere de Bogotá actuală. În 1000 BC, grupuri de amerindieni dezvoltă un sistem politic "cacicazgos" cu o structură piramidală a puterii, în special cazurile populațiilor Muisca și Chibcha. Se considera cel mai avansat sistem politic în America de Sud, după Inca.

Spaniolii au explorat litoralul Caraibian în 1500 conduși de Rodrigo de Bastidas. În 1508 Vasco Nuñez de Balboa a început cucerirea teritoriului prin regiunea Urabá. În 1513 a ieșit la Oceanul Pacific, pe care l-a numit „Marea Sudului”. Nuñez a extins dominația spaniolă în Peru și Chile. În 1525 a fost fondat primul oraș european în Americi, Santa María la Antigua del Darién situat pe teritoriul actual al departamentului Choco. Populația era compusă în principal de sutele de triburi Chibchan și Karib, astăzi cunoscuți fiind numiți Caraibi, pe care spaniolii i-au cucerit prin război, în timp ce bolile, exploatarea, și cucerirea în sine a dus la o importantă reducere demografică în rândul indigenilor. În sec. 16 europenii au început să aducă sclavi din Africa. Pentru recunoașterea drepturilor acestora s-a implicat călugărul iezuit Pere Claver, ulterior canonizat și declarat patron al Columbiei.

 

Congresul din Cucuta, Simon Bolivar și Francisco de Paula Santander

De la începutul perioadelor de colonizare și cucerire, au fost câteva mișcări rebele sub dominația spaniolă, majoritatea au fost strivite sau au rămas prea slăbite pentru a schimba situația în general. Ultima rebeliune, care a condus la proclamarea independenței față de Spania, a izbucnit în jurul anului 1810. Condusă de Simón Bolívar și Francisco de Paula Santander, rebeliunea a culminat victorios în anul 1819, când teritoriul Viceregatului Noua Granada a devenit Republica Columbia Mare. A fost organizată ca o confederație cu Ecuador, Venezuela și Panama, care a fost departament al Columbiei până în 1903. Diviziunea politică și teritorială internă a dus la separarea statelor Venezuela și Quito (actualmente Ecuador) în 1830. La acea vreme așa-numitul "Departament Cundinamarca" a adoptat numele "Nueva Granada", nume pe care l-a păstrat până în 1856 când a devenit "Confederación Granadina" (Confederația Grenadină). În 1863 au fost create "Statele Unite ale Columbiei", uniune statală care a durat până în 1886, când țara a fost din nou redenumită Republica Columbia. Diviziunea internă rămânea puternică, ceea ce a alimentat războaie civile foarte sângeroase. Aceasta a contribuit la separarea, finanțată de Statele Unite, a statului Panama în 1903. După aceasta s-a instaurat o perioadă de liniște și stabilitate politică.

La sfârșitul anilor 1940 a izbucnit o noua revoltă, alimentată de tensiunile crescânde, motivate de asasinarea liderului Jorge Eliécer Gaitán. Această mișcare este cunoscută în istorie ca La Violencia ("Violența") și a cauzat moartea a aproximativ 200,000 columbieni. În deceniile recente în Columbia au izbucnit noi conflicte alimentate de felurite grupuri de presiune și interes: cartelurile traficanților de droguri, gherilele armate (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia - Forțele Aramate Revoluționare ale Columbiei F.A.R.C.) și forțele paramilitare (Autodefensas Unidas de Colombia - Autoapărarea Unită a Columbiei A.U.C.), degenerând adesea în conflicte interne sângeroase. În ultimii ani au fost implementate diferite inițiative menite să reducă criminalitatea. În timpul administrației președintelui Andrés Pastrana Arango (1998-2002), s-au dus negocieri cu F.A.R.C. care au avut rezultate parțiale. S-a pus în aplicare Planul Columbia, cu scopul dublu , de a termina conflictul armat și de a promova o puternică strategie antidrog. În perioada următoare, sub președinția lui Alvaro Uribe, s-au exercitat presiuni asupra grupurilor armate, aceasta având ca efect diminuarea răpirilor și o ameliorare a indicilor privind criminalitatea.