As origens de Craco remontam ao século VIII a.C. É provável que tenha oferecido abrigo para as colonos gregos de Metaponto, quando eles se mudaram para fugir da malária.

Craco foi subsequentemente um centro bizantino. O primeiro testemunho sobre o nome da cidade remonta a 1060, quando o território foi sob a autoridade do arcebispo Arnaldo de Tricarico, que lhe deu o nome de Graculum, que significa "pequeno campo arado". Erberto, talvez de origem normanda, foi o primeiro senhor feudal entre 1154 e 1168 e a estrutura do centro histórico remonta a este período.

Durante o reino de Frederico II, Craco foi um importante centro militar estratégico. Em 1799, durante a República Napolitana, a população aderiu aos ideais republicanos e se rebelou contra o poder feudal mas a revolta foi reprimida com violência após a restauração bourbônica.

Como a maioria dos centros em Basilicata, a cidade foi envolvida no fenômeno do brigantaggio. Durante a ocupação napoleônica, foi saqueada por quadrilhas de bandidos o 18 de julho de 1807, que roubaram e mataram os senhores pró-franceses. Em 1861, durante a reação bourbônica após a unificação da Itália, Craco foi invadida pela armada do famoso brigante Carmine Crocco.

Devido a um deslizamento de terra de grandes proporções, em 1963 a cidade começou a ser evacuada e uma parte dos habitantes se mudou para o vale, em Craco Peschiera. O desastre foi causado pelas obras de infra-estrutura a serviço da cidade. Em 1972, uma enchente piorou ainda mais a situação, evitando um possível repovoamento do centro histórico e, após o sismo de 1980, Craco foi completamente abandonada.

Em 2010, Craco foi incluída na lista de observação do World Monuments Fund.[1]