A estrutura original de madeira construída em 1899 em estilo gótico foi destruído durante o bombardeamento de Tóquio durante a Segunda Guerra Mundial[1]. A presente igreja, projetada pelo arquiteto Kenzo Tange, foi completada em 1964. Tange foi auxiliado por Wilhelm Schlombs, arquiteto da Arquidiocese de Colônia, pelo engenheiro estrutural Yoshikatsu Tsuboi, que já tinha trabalhado com Tange antes, e pelo arquiteteto suíço Max Lechner.