Diversos documentos sugerem que o nome original do mercado era "Novo Bazar". No entanto, devido ao facto das especiarias estarem entre as mercadorias mais transacionadas no bazar e a maior parte delas serem importadas via Egipto, o termo "Bazar Egípcio" ganhou popularidade. O termo turco mısır, semelhante ao nome do Egipto em árabe (misr), tanto pode significar "Egipto" como milho, o que leva a que por vezes o nome seja erroneamente traduzido como Bazar do Milho. Desde a sua criação que o bazar foi (e ainda é) o principal centro de venda de especiarias em Istambul.

O edifício faz parte do külliye (complexo) da Mesquita Yeni e as rendas das lojas destinavam-se a pagar as despesas do complexo. A estrutura foi projetada pelo arquiteto-chefe da corte otomana Koca Kasım Ağa, discípulo de Mimar Sinan, mas foi completada por um arquiteto de nome Mustafa em 1660.