Budowa pałacu rozpoczęła się w 1763, zaraz po zwycięstwie Prus w wojnie siedmioletniej. Nowa budowla miała świadczyć o potędze królestwa pruskiego. Nad projektem pałacu pracowali początkowo Johann Gottfried Büring (1723-1788)[1] i Heinrich Ludwig Manger (1728-90). Wskutek licznych nieporozumień z królem, Büring odszedł, a nadzór nad pracami przejął w 1764 Karl von Gontard (1731-91). Von Gontard zajął się przede wszystkim projektowaniem pałacowych wnętrz. Nad projektem pomieszczeń gospodarczych i mieszkań dla służby (niem. Communs) pracował również francuski architekt Jean Laurent Le Geay (1710-1786). Pałac został ukończony po prawie siedmiu latach prac w 1769.

Barokowa rezydencja nie cieszyła się jednak sympatią Fryderyka II Wielkiego, który mawiał o niej fanfaronada. Rzadko pomieszkiwał w Nowym Pałacu, preferując Pałac Sanssouci. Rezydencja od początku miała służyć jako kwatera dla królewskich gości, którzy mieli tu do dyspozycji 200 komnat, 4 bawialnie oraz rokokowy teatr. W krótkich okresach pobytu, Fryderyk mieszkał w południowym skrzydle bocznym, w apartamencie królewskim, zwanym też apartamentem Fryderyka. Po jego śmierci w 1786 roku, pałac używany był bardzo rzadko, jedynie z okazji wielkich uroczystości.

W 1859 roku do pałacu sprowadził się z rodziną książę Fryderyk Wilhelm, późniejszy cesarz Fryderyk III. Podczas jego krótkiego 99-dniowego panowania (9 marca – 15 czerwca 1888), pałac otrzymał nazwę Friedrichskron. W tym czasie na terenie pałacu przeprowadzono szereg prac modernizacyjnych, m.in. zasypano fosę, zainstalowano ogrzewanie parowe, doprowadzono prąd elektryczny, a w poszczególnych apartamentach urządzono łazienki i toalety. W 1903 zainstalowano windę w północnej klatce schodowej. Do 1918 pałac był ulubioną rezydencją ostatniej pary cesarskiej Wilhelma II i Augusty Wiktorii.

Po rewolucji listopadowej, formalnej abdykacji Wilhelma II i po tym, jak książę Wilhelm ostatecznie zrzekł się praw do tronu w 1919, w pałacu urządzono muzeum. Wiele elementów wyposażenia przewieziono do rezydencji cesarza na wygnaniu w Haus Doorn w Holandii. Pod koniec II wojny światowej pałac został ograbiony przez żołnierzy armii sowieckiej. Obecnie cześć budynków (tzw. Communs) zajmuje Uniwersytet Poczdamski.