Kiedy król Chrystian IV planował w 1617 Christianshavn, przewidywał dla niego funkcję niezależnego miasta handlowego położonego na wyspie Amager i dlatego uważał, że powinno ono mieć własny kościół. Pierwszy, tymczasowy kościół był gotowy w 1639. Budowę obecnego kościoła rozpoczęto w 1682 według projektu Lamberta van Havena. Konsekracja kościoła miała miejsce w 1695, jednak nie miał on jeszcze wieży, a wyposażenie jego wnętrza miało charakter tymczasowy.

Plan zbudowania wieży pojawił się w 1747, za panowania króla Fryderyka V. Sporządzenia nowego projektu podjął się architekt Laurids Lauridsen Thurah. Gotowy projekt został przedstawiony do zatwierdzenia królowi w 1749. Laurids Lauridsen Thurah, wzorując się na spiralnej latarni rzymskiego kościoła Sant’Ivo alla Sapienza Francesco Borrominiego, zaprojektował smukłą, spiralną wieżę, zwieńczoną pozłacaną figurą Chrystusa z chorągwią zwycięstwa w ręce. W 1749 plan ten zatwierdził król. Trzy lata później wieża była gotowa, a uroczystej inauguracji dokonał 28 sierpnia 1752 sam monarcha, wspinając się na jej wierzchołek.

W 1694 szwedzki architekt Nicodemus Tessin młodszy przedstawił projekt ołtarza głównego, którego budowa rozpoczęła się w 1708, a dobiegła końca dopiero w 1732, już po śmierci architekta.

W XX w. kościół był kilkakrotnie restaurowany, ostatni raz w latach 1991–1996, kiedy to gruntownej renowacji poddano jego wieżę. Pokryto wówczas jej dach blachą miedzianą, odnowiono schody i wykonano na nowo złocenia detali architektonicznych. 17 marca 1996 książę Joachim dokonał uroczystego otwarcia odnowionej wieży, pokonując pieszo, podobnie jak przed wiekami jego przodek Fryderyk V, 400 stopni schodów prowadzących na jej wierzchołek[1].

W XXI w. zakrojona na szeroka skalę restauracja miała miejsce w 2009. Objęła ona głównie wnętrze. Posadzka w nawach, która nigdy nie miała właściwego fundamentu, została wyłożona płytami wapiennymi. Naprawiono wielkie okna, które w specyficzny sposób przepuszczają światło do wnętrza. Założono też nową instalację elektryczną i nowy system ogrzewania. Poddano renowacji organy i – mając na uwadze rzesze turystów – zmodernizowano dostęp na wieżę[2].

Główną atrakcją kościoła pozostaje wieża. Z 400 stopni prowadzących na jej wierzchołek 150 znajduje się na zewnątrz, w formie spiralnych schodów z balustradą.