W IX w p.n.e. rozpoczęła się kolonizacja południowych wybrzeży Półwyspu Iberyjskiego przez Fenicjan z Tyru. Jako pierwszy powstał Kadyks (Gadir) – źródła literackie datują ten fakt na 1100 r. p.n.e., ale z badań archeologicznych wynika, że w rzeczywistości nastąpiło to między 800 a 775 r. p.n.e. Później powstawały kolejne fenickie kolonie: Sexi (dziś Almuñécar), Abdera (Abra) i wreszcie Malaka. Nazwa pochodziła prawdopodobnie od fenickiego słowa oznaczającego sól. W przypadku fenickich kolonii trudno jednak mówić o założeniu miasta. Były to raczej faktorie handlowe, zresztą w znacznym stopniu opierające się na zamieszkałej tu już wcześniej ludności iberyjskiej.

Równolegle z kolonizacją fenicką rozwijało się osadnictwo greckie. Półwysep Iberyjski pozostawał jednak terenem niejednorodnym politycznie, do czasu jej podboju przez Kartaginę. Po II wojnie punickiej i klęsce Kartaginy pod Zamą w 202 r. p.n.e. południowe wybrzeże płw. Iberyjskiego przeszło we władanie Rzymu. Municipium Malacitanum było częścią tzw. Hispanii Ulterior, a od czasów Oktawiana Augusta – Betyki (łac. Hispania Baetica).

Panowanie Rzymian to okres gwałtownego rozwoju miasta. Malacitanum leżało na trasie tzw. Via Herculea lub później Via Augusta, czyli traktu łączącego Kadyks z Barceloną i dalej z Rzymem. To zapewniało miastu komunikację z innymi ważnymi osiedlami i katalizowało postęp ekonomiczny i kulturalny. To z tego okresu pochodzi teatr rzymski, który, choć niewielki, należy do najstarszych tego typu zabytków w Hiszpanii. Zachowały się również rzeźby, przechowywane dziś w miejscowym muzeum archeologicznym. Jednym z najciekawszych reliktów tej epoki jest jednak odnaleziona w 1851 r. brązowa tablica, na której zapisano Lex Flavia Malacitana, czyli statut definiujący Malacitanum jako miasto skonfederowane, o rozwiniętej samorządności.

W połowie VI w. Malaga, podobnie jak całe południowe wybrzeże półwyspu, przeszła we władanie Bizancjum Justyniana. Wraz z objęciem korony wizygockiej przez Leowigilda, rozpoczęła się ekspansja Wizygotów na południe. Malaga została zdobyta w 571 r. Ten okres to czas silnego konfliktu religijnego między rdzenną, katolicką ludnością, a ariańskimi Wizygotami. Przeciw arianizmowi występował Sewer, biskup Malagi. To pierwsza znana z imienia osoba związana z miastem. Konflikty zakończyły się wraz z koronacją syna Leowigilda – Rekkareda, który zdecydował o przejściu na katolicyzm.

W 711–712 Musa (muzułmański gubernator Afryki Północnej) i jego dowódca, berberyjski wyzwoleniec Tarik, przekroczyli Gibraltar i rozpoczęli muzułmańską inwazję Płw. Iberyjskiego. Malaga padła podczas wojennej ekspedycji syna Musy, Abd al-Aziza w 716, i od tego czasu aż do XV stulecia znajdowała się pod władaniem muzułmanów.

Ten czas to wielki rozkwit miasta, otoczonego murami z pięcioma dużymi bramami oraz licznymi przedmieściami. Malaga była wówczas najważniejszym portem na południowym wybrzeżu dzisiejszej Hiszpanii. Po rozpadzie kalifatu Umajjadów stała się stolicą niewielkiej taify pod panowaniem berberyjskiej dynastii Hammudi. W 1237 r., po upadku Almohadów, wraz z innymi miastami regionu dostała się we władanie grenadzkich Nasrydów i stało się stolicą jednej z trzech prowincji zwanych coras – Rajja. Królestwo zaludnione było wówczas przez muzułmanów i tzw. trybutariuszy, tj. ludność nieislamską, ale płacącą podatki. W Maladze szczególnie licznie reprezentowani byli genueńczycy, obdarzeni zresztą licznymi przywilejami. Miasto było wówczas centrum rzemiosła stoczniowego, tkactwa i handlu afrykańskim złotem.

 

Mury miejskie Malagi, które w 1487 były szturmowane przez chrześcijan

 

Arena corridy

Pod koniec XV w. katoliccy królowie Hiszpanii postanowili skończyć z muzułmańskim królestwem na Płw. Iberyjskim. Malaga upadła w 1487 r. W przeciwieństwie do innych, zdobytych wcześniej twierdz broniła się zaciekle, toteż po jej zdobyciu królowie wzięli do niewoli wszystkich żywych mieszkańców miasta. Pięć lat później padła Grenada i ta data uznawana jest za koniec rekonkwisty. Na pamiątkę zwycięstwa w Maladze wzniesiono klasztory de la Victoria (zwycięstwa) i de la Trinidad (Trójcy Św.).

Malaga katolicka pełniła ważną funkcję handlową po odkryciu Nowego Świata. W XVII w. rozpoczął się jednak powolny upadek miasta. Spory wpływ miało na to wygnanie Morysków po edykcie z 1609, a także epidemie oraz klęski żywiołowe, które regularnie nawiedzały miasto – głównie powodzie wywołane przez Guadalmedinę.

24 sierpnia 1704, podczas wojny o sukcesję hiszpańską doszło do bitwy morskiej pod Malagą.

14–15 października 1810, podczas wojen napoleońskich doszło do zwycięskiej obrony nieodległej twierdzy w Fuengiroli – 30 km na południowy zachód od Malagi wzdłuż wybrzeża, dowodzonej przez kpt. Franciszka Młokosiewicza siłami 4 Pułku Piechoty Księstwa Warszawskiego przed korpusem brytyjskim lorda Blayneya.

Kryzys zaczął przechodzić w XVIII stuleciu, a już w XIX rozpoczął się kolejny okres rozwoju miasta. Malaga szybko stała się jednym z najintensywniej rozwijających się miast Hiszpanii. Na zachodzie miasta powstały liczne zakłady przemysłowe, rozbudował się port, a w mieście osiedlili się liczni handlowcy z Kastylii i zagranicy. We wschodniej części miasta zbudowano wówczas liczne wille i hotele w stylu belle époque. W tym czasie Malaga, podobnie jak inne miasta Hiszpanii, była też jednak świadkiem burzliwych wystąpień przeciwko absolutystycznym rządom Ferdynanda VII. Na plaży pod miastem rozstrzelano w 1831 r. powstańca José Maríę Torrijosa i jego 52 towarzyszy. Koniec XIX w. to kolejny kryzys w historii miasta – zamykane były kolejne fabryki, okoliczne winnice dotknęła plaga filoksery. Miasto powoli zamierało. Dodatkowym ciosem były intensywne bombardowania Malagi przez siły frankistowskie podczas wojny domowej (1936–1939).

W latach 60. XX stulecia dzięki turystycznej modzie na Hiszpanię i Costa del Sol rozpoczął się kolejny rozkwit gospodarczy miasta.