Ocenia się, że teren ten był zamieszkany przez ludzi już ok. 600 r. n.e. Chiapas znajdowało się wtedy w sercu kultury Majów, którzy pozostawili po sobie wiele zabytków. Znajdują się tu takie słynne centra religijne Majów, jak: Palenque, Bonampak, Yaxchilán czy Lacanjá. Po okresie wspaniałego rozwoju miasta-państwa Majów z niewiadomych przyczyn pogrążyły się w upadku. W XV stuleciu nad regionem dominowali Aztekowie, którzy jednak nigdy nie zdołali narzucić swojej władzy przybyłym tu po Majach Indianom Chiapa.

Wraz z przybyciem Hiszpanów wywiązały się tutaj zacięte walki pomiędzy tubylcami a konkwistadorami. Hiszpanie dopiero po 6 latach prób (1522–1528) zdołali założyć pierwsze stałe osiedle w tym rejonie, była to osada Villa Real (obecne San Cristóbal). Po podboju Chiapas stanowiło administracyjnie część Gwatemali. W XVII stuleciu mimo zadomowienia się tutaj Europejczyków ciągle wybuchały starcia z Indianami, którzy nigdy nie chcieli się pogodzić z obcą dominacją. W 1712 r. wybuchło krwawe powstanie przeciwko niewolnictwu i innym formom wykorzystywania miejscowej ludności.

Kiedy Meksyk walczył o niepodległość, region Chiapas był silnie powiązany z Gwatemalą i nie od razu poparł jego żądania suwerenności. Dopiero w 1824 r. w wyniku plebiscytu mieszkańcy opowiedzieli się za wejściem regionu w unię z Meksykiem. Pomimo protestów Gwatemali Chiapas zostało całkowicie włączone do Meksyku w 1841 r.

W XIX w. istniały tu liczne napięcia społeczne pomiędzy lokalnymi posiadaczami ziemskimi a indiańskim chłopstwem. Rewolucja Meksykańska z 1910 r. nie wywarła wielkiego wpływu na stan. Chłopi pomimo żądań rozparcelowania wielkich majątków nie przyłączyli się do walki.

Po zakończeniu rewolucji rządząca autokratycznie partia PRI zawarła sojusz z ziemiaństwem z Chiapas i zablokowała wszelkie reformy. Sam stan natomiast pozostawał jednym z najbiedniejszych regionów kraju z jedną z najliczniejszych społeczności indiańskich. Nierozwiązane problemy społeczne znalazły swe ujście 1 stycznia 1994 r., kiedy to rozpoczęło się w stanie Chiapas powstanie ludności indiańskiej, znane jako powstanie Zapatystów, walczącej o swą godność, prawa i możliwość przetrwania w skostniałej strukturze własności ziemi. Konflikt trwał głównie w czasie, gdy prezydentem był Ernesto Zedillo Ponce de León, który rozpoczął sprawowanie władzy w grudniu 1994. Po zmianie prezydenta doszło do podpisania porozumienia z rządem i nastała krucha równowaga. Ruch Zapatystów (zob. Subcomandante Marcos) wspierany jest m.in. przez Sprawiedliwy Handel (Fair Trade). Mimo kolejnych obietnic administracji rządowej napięcie społeczne w Chiapas istnieje cały czas a problemy pozostały nadal nie rozwiązane.