Od najdawniejszych czasów Bali pozostawało pod dominacją polityczną i kulturalną sąsiedniej Jawy. Wchodziło w skład kolejnych królestw, których ośrodkiem była Jawa. Od 1343 roku w granicach najpotężniejszego z nich, królestwa Majapahit. W XVI wieku Bali zyskało niezależność polityczną, a po podboju Jawy przez muzułmanów (koniec XVI w.) stało się centrum bogatej, pozostającej pod wpływem sztuki południowo indyjskiej, oryginalnej indonezyjskiej kultury, cechującej się m.in. bogatą ornamentyką, z motywami figuralnymi, roślinnymi, fantastycznymi, występującymi w malarstwie na tkaninach, rzeźbie w kamieniu i drewnie, w batiku, w świątyniach, rozwiniętym złotnictwem i płatnerstwem oraz tzw. teatrem cieni (wayang).

W epoce kolonialnej przez długi czas zachowało niezależność, dopiero od 1839 roku Holendrzy zaczęli przejmować kontrolę nad wyspą. Niektóre z królestw balijskich zaczęły zawierać tajne porozumienia z kolonizatorami. Gdy na początku XX wieku rozpoczęły się walki między balijskimi regencjami, wkroczyli Holendrzy. W 1906 roku wojska kompanii VOC, wspomagane przez najemników z Moluków, zaatakowały od strony Sanur. Balijskie rodziny królewskie wiedziały, że nie mają szans z przeważającą siłą Holenderskiej Kompanii Wschodnioindyjskiej. Woleli popełnić zbiorowe samobójstwo puputan, niż się poddać. W 1908 roku podobne wydarzenia miały miejsca w Klungkung. Od tego momentu Holendrzy przejęli kontrolę administracyjną nad wyspą. W latach 1942–1945 terytorium okupowane przez Japończyków, w 1946 roku zwrócone Holendrom. W 1949 roku weszło w skład Indonezji, po reformie administracyjnej z 1950 prowincja.

Zamachy bombowe na Bali

12 października 2002 w mieście Kuta dokonano zamachów terrorystycznych na dwa kluby nocne. W wyniku eksplozji samochodu-pułapki i ataku samobójczego zginęły 202 osoby (88 z nich było Australijczykami, chętnie odwiedzającymi niedaleką Indonezję podczas szczytu sezonu turystycznego), a ponad 200 zostało rannych. Wśród zabitych była polska dziennikarka Beata Pawlak[1]. Kolejny zamach miał miejsce w roku 2005.