Tijdens de koudste periode aan het eind van de laatste ijstijd, ongeveer 18.000 jaar geleden, lag de zeespiegel ruim honderd meter onder het huidige zeeniveau. De Noordzeebodem lag toen grotendeels droog. Na deze periode smolten de ijskappen waardoor de zeespiegel steeg, en er water in de Noordzee kon lopen. Grofweg 7000 jaar geleden lag de kustlijn ongeveer in de buurt van de huidige kust. Door golfwerking en getijbewegingen werd er sediment vanuit zee naar de kust getransporteerd. Dit sediment werd afgezet langs de kust en in het nabije achterland, dat daardoor telkens iets hoger kwamen te liggen en zo niet verdronk door de nog snel stijgende zeespiegel. In de Duitse Bocht en langs grote delen van de Nederlandse en Vlaamse kust ontstonden zo wadden met getijgeulen (zeegaten) en kwelders. Aan de Noordzeekant lagen lokaal zandige strandwallen.

Hierna zwakte de zeespiegelstijging af en vanaf ongeveer 5000 jaar geleden konden de eerste aaneengesloten strandwallen in West-Nederland bewaard blijven. De getijgeulen in het achterland slibden veelal dicht en de voormalige wadden en kwelders raakten bedekt met een veenmoeras. In Noord-Nederland (grofweg ten oosten van Vlieland) was de situatie anders. Hier waren de strandwallen niet aaneengesloten, ze zijn altijd onderbroken geweest door getijgeulen die uitkwamen op het achterliggende wadden- en kweldergebied. Deze onderbroken strandwallen vormen de kern van de meeste Waddeneilanden.

De afgelopen 7000 jaar is het waddengebied altijd dynamisch geweest. Getijgeulen hebben zich regelmatig verlegd, en ook de grenzen van het wadden- en kweldergebied en de locatie van de Waddeneilanden schoven regelmatig op.

Op de Waddenzee is eeuwenlang veel gevist. Om niet weg te zakken in de zachte wadbodems maakten de vissers veel gebruik van sliksleeën. Tot in het begin van de 20e eeuw werd er ook op oesters gevist, met name vanuit Oosterend en Oudeschild. Vermoedelijk door overbevissing is de oester in de Waddenzee sindsdien geheel verdwenen. Wel werden er nadien op de Waddenzee steeds meer mossels gekweekt.

Toen de Afsluitdijk in 1932 voltooid was, konden de haring en de ansjovis hun paaiplaats in de kom van de Zuiderzee niet meer bereiken. Het kuit dat ze schoten op de Waddenzee bleef drijven en bij laag water lag er langs de Afsluitdijk en aan de Waddenkust een laag haringkuit die op sommige plaatsen wel 10 tot 15 centimeter dik was.[1] Na enkele jaren met enorme haringvangsten verdween de haring na 1937 ook uit de Waddenzee. Tot ongeveer 1955 kwamen met tussenpozen nog scholen ansjovis naar de Waddenzee.[2]
Ook het zeegras verdween, in eerste instantie als gevolg van een ziekte. Het kwam, waarschijnlijk door de veranderde omstandigheden, niet meer terug in het Waddenzeegebied terwijl dat elders in Europa wel gebeurde. Het verdwijnen van het zeegras had tot gevolg dat vissoorten als de zeestekelbaars en de trompetterzeenaald nagenoeg uitstierven. Het afsluiten van de Zuiderzee had mede tot gevolg dat in het westelijke deel van de Waddenzee het hoogwaterniveau toenam.[3]