Van Vincent van Gogh werden bij leven slechts twee schilderijen verkocht.[1] Bij zijn dood in 1890 liet Vincent zijn complete werk na aan zijn jongere broer, Theo van Gogh. Bij Theo's dood ging de verzameling over in handen van diens weduwe, Jo van Gogh-Bonger. Zij verkocht een aantal werken, maar hield een collectie bijeen die representatief was voor Van Goghs oeuvre. Een bod van Anton Kröller op de hele verzameling wees ze van de hand.[2]

Na haar overlijden in 1925 kwamen de kunstwerken in bezit van haar zoon Vincent Willem van Gogh. In 1960 richtte deze de Vincent van Gogh Stichting op. Naast hemzelf en zijn echtgenote hadden ook zijn drie nog levende kinderen zitting in de stichting, evenals een vertegenwoordiger van de Nederlandse regering.

Op 21 juli 1962 werd een overeenkomst ondertekend tussen de Staat der Nederlanden en de Vincent van Gogh Stichting. De familie Van Gogh droeg voor vijftien miljoen gulden de gehele verzameling, bestaande uit tweehonderd schilderijen van Vincent van Gogh en Paul Gauguin, vierhonderd tekeningen, en alle brieven van Vincent over aan de staat. De belangrijkste voorwaarde was dat de gehele collectie in een aan Van Gogh gewijd museum zou worden ondergebracht. Hiermee werd de grondslag gelegd voor het Van Gogh Museum. Het museum opende in 1973 zijn deuren met Emile Meijer als eerste directeur. Destijds was het een rijksmuseum, tegenwoordig is het museum een zelfstandige stichting en maken de kunstwerken - op grond van de overeenkomst tussen de staat en de stichting - deel uit van de rijkscollectie.

Met ingang van 1 februari 2020 is Emilie Gordenker directeur van het museum als opvolger van Axel Rüger. Gordenker, voorheen directeur van het Mauritshuis in Den Haag, is de eerste vrouwelijke directeur van het Van Gogh Museum.[3]