Brouwerij 't IJ is in 1983 opgericht door Kaspar Peterson, die na zijn tijd bij de Nederlandse band Door Mekaar besloot zich op de bieren te gaan richten. Vanaf 1985 is Brouwerij 't IJ gevestigd in het voormalig badhuis Funen, naast Molen de Gooyer in Amsterdam Oost. Op deze locatie wordt nog altijd gebrouwen en is ook een proeflokaal gevestigd. De eerste bieren die gebrouwen werden waren Zatte en Natte. Over de jaren kwamen er meer biersoorten vast of als seizoensbier bij en vonden de bieren ook steeds meer aftrek.

Na 25 jaar besloot Peterson in 2008 te stoppen als eigenaar van Brouwerij 't IJ. Patrick Hendrikse en Bart Obertop werden de nieuwe eigenaren van de brouwerij.

Omdat de ruimte in Badhuis Funen niet genoeg bleek om aan de groeiende vraag te voldoen, werd in 2012 besloten een tweede brouwlocatie te bouwen. Hiervoor is een pand betrokken aan het Zeeburgerpad in Amsterdam-Oost, op zo'n 800 meter van de oorspronkelijke brouwerij. Op 11 januari 2013 is er voor het eerst in deze nieuwe brouwerij gebrouwen. Alle fles en fust bieren van Brouwerij 't IJ komen nu hiervandaan, de tapbieren voor het proeflokaal worden nog altijd naast de molen gebrouwen.

In 2015 nam de Belgische brouwerij Duvel Moortgat een belang in 't IJ.[1] De omvang van het belang werd niet bekendgemaakt.