Zie Geschiedenis van Gouda voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

Rond het jaar 1000 was het gebied waar nu Gouda ligt drassig en bedekt met een moerasbos, met daarin kleine riviertjes, zoals de Gouwe. In de 11e en 12e eeuw begon men met het ontginnen van veen ten oosten en westen van de stad en langs de oevers van de Gouwe. In 1143 werd de naam Gouda voor het eerst vermeld in een oorkonde van de graaf van Holland.[1]

In de 13e eeuw werd het riviertje de Gouwe door een kanaal verbonden met de Oude Rijn en de monding in de Hollandse IJssel werd uitgebreid tot een haven. Aan de rand van de stad verrees in de 14e eeuw het kasteel van Gouda, dat de haven moest beschermen. Door deze ontwikkelingen ontstond een vaarroute, die werd gebruikt voor handel tussen Vlaanderen en Frankrijk met Holland en het Oostzeegebied. In 1272 verleende Graaf Floris V stadsrechten aan Gouda, dat inmiddels een belangrijke plaats geworden was. In 2022 wordt gevierd dat de stad 750 jaar geleden stadsrechten kreeg.

In 1361 en 1438 richtten stadsbranden grote schade aan in de stad. Zo zouden bij de stadsbrand van 1438 slechts vier huizen gespaard zijn gebleven.[2] Na de verovering van Gouda door de Geuzen op 21 juni 1572 werd het kasteel van Gouda in 1577 gesloopt, om het zo niet in handen te laten vallen van de Spanjaarden bij een eventuele herovering. Het is echter maar de vraag of dit de daadwerkelijke reden van de afbraak was, of dat de Goudse bevolking de oorlog aangreep om zich van het kasteel en zijn eigenaar te verlossen.[3] De definitieve afbraak van het kasteel werd pas in 1808 voltooid, toen de Chartertoren werd gesloopt. Nog voordat het kasteel volledig was gesloopt, verrees ter hoogte van de vroegere binnenplaats op de fundering van het kasteel een molen. Nadat deze molen in 1831 was afgebrand, werd deze een jaar later vervangen door de molen 't Slot, die nog altijd overeind staat.

In het laatste kwart van de 16e eeuw had Gouda ernstige economische problemen. In de eerste helft van de 17e eeuw krabbelde de stad weer op en tussen 1665 en 1672 kende de stad zelfs een tijd van grote vooruitgang en bloei. Toen in het rampjaar 1672 echter de Hollandse Oorlog uitbrak kende de stad opnieuw een economische terugval. Hoewel de economie na 1700 nog eenmaal opveerde, zou de terugval uiteindelijk tot ver in de 19e eeuw duren. In 1673 werd Gouda voor de vierde en ergste maal getroffen door de pest. De epidemie kostte 2.995 mensen het leven, ongeveer 20% van de bevolking. Bovendien kreeg Gouda te maken met opstandige boeren uit de omgeving, die in juni 1672 het stadhuis 24 uur lang bezetten.

In de 19e eeuw werden de stadsmuren van Gouda gesloopt; de laatste stadspoort werd in 1854 afgebroken. In deze periode had Gouda ook te maken met cholera-epidemieën, de eerste uitbraak was in 1832 een feit. Onder andere dankzij het aanleggen van een riolering en een waterleidingnet wist men de ziekte aan het eind van de 19e eeuw terug te dringen. Rond diezelfde tijd begon Gouda ook eindelijk te profiteren van het betere economische klimaat. Bedrijven als de Stearine Kaarsenfabriek en de Goudsche Machinale Garenspinnerij hadden hierin een belangrijk aandeel. In 1855 werd het station Gouda in gebruik genomen aan de nieuwe spoorlijn Utrecht - Rotterdam. Vijftien jaar later volgde ook de spoorverbinding met Den Haag. In het begin van de 20e eeuw, begon de stad met uitbreiden buiten de singels. De wijken Korte Akkeren, Kort Haarlem en Kadebuurt werden in de eerste helft van deze eeuw gebouwd.

In de Tweede Wereldoorlog was Gouda enige malen het doelwit van bombardementen door de geallieerden. In 1941 werden onder andere de Noothoven van Goorstraat, Fluwelensingel en de Krugerlaan getroffen. In 1944 werd onder andere de Vest geraakt en raakte de dijk van de Nieuwe Gouwe beschadigd. Het station werd tot tweemaal toe getroffen tijdens bombardementen in november 1944. In het totaal vielen er bij de bombardementen in Gouda 45 doden. Van de Goudse Joden werden er 328 vermoord tijdens de bezetting, slechts 40 overleefden de Holocaust.

Na de bezetting breidde Gouda zich verder uit en werden de wijken Oosterwei, Bloemendaal en Goverwelle gerealiseerd. In 1940 werd met de demping van de Nieuwehaven een begin gemaakt met het dichten van de grachten in de binnenstad. Na de Tweede Wereldoorlog werden ook de Raam, het Nonnenwater, de Naaierstraat en de Achter de Vismarkt gedempt. Mede vanwege de protesten vanuit de burgerij en de veranderde inzichten bij stedenbouwkundigen werd echter niet verdergegaan met het dempen van de historisch waardevolle stadsgrachten. In 1977 verdween de wekelijkse varkensmarkt, de grootste in Nederland, uit de stad. De wekelijkse kaasmarkt op donderdag bleef alleen als toeristisch fenomeen gehandhaafd. Het huidige hoofdstation is gebouwd in 1984, maar het gebied rond het station, de Spoorzone, wordt sinds 2015 onder handen genomen. Tevens breidde de stad na de realisering van Goverwelle in de jaren tachtig en negentig weer uit met de wijk, Westergouwe.