De molens van Kinderdijk werden gebouwd om de afwatering van de Alblasserwaard te verbeteren. Dit gebied was in de 10e tot 13e eeuw ontgonnen. Via sloten en weteringen werd het water afgevoerd. Eerst waren er meer natuurlijke waterlopen, maar uiteindelijk bleven hiervan alleen de Alblas en de Giessen over. Oorspronkelijk kon het water daarvan vrij in de rivieren (de Lek, de Noord en de Merwede) uitlopen, maar door de afwatering klonk de bodem in.[1]

De polderbesturen moesten samen gaan werken en maakten daartoe twee grote afwateringseenheden:

Floris V richtte tevens in 1277 het Hoogheemraadschap van de Alblasserwaard op. Dit legde een ringdijk aan rond het gehele gebied, met sluisjes in de Giessen (bij Giessendam) en de Alblas (bij Alblasserdam). Bij laagwater kon hierdoor op de Merwede geloosd worden. Op den duur was dat ook niet meer voldoende. Daarom maakte men uitwatering op de plaats met de laagste waterstand buiten de polder, op de meest noordwestelijke punt van de Alblasserwaard, bij Kinderdijk.

In 1365 verlegde men de afwatering via de Giessen hierheen, en in 1369 ook de afwatering via de Alblas. Dat vergde nieuwe afwateringskanalen van 17 kilometer lengte in het geval van de Giessen. Beide afwateringskanalen lopen bij Kinderdijk parallel, en zijn gescheiden door een smalle kade, waarover het voetpad loopt.

Tweehonderd jaar later voldeed dit ook niet meer. De capaciteit voor de waterberging werd vanaf 1620 vergroot. Maar nog een eeuw later bleek dit opnieuw onvoldoende. Vanaf dat moment (1738 voor Nederwaard, 1740 voor Overwaard) werd het water door de boezemmolens opgepompt naar de waterberging in de hoge boezems. Bij lage waterstand in de rivier werd het boezemwater uitgelaten in de rivier.