St. Margarets kirke er en anglikansk kirke i City of Westminster i London. Den ligger ved siden av Westminster Abbey på Parliament Square, og er sognekirke for Det britiske parlamentet. Kirken er viet til Margaret av Skottland.

Den første kirken på stedet ble grunnlagt i det 12. århundre som en katolsk sognekirke for området rundt Westminster Abbey. Den ble bygget på nytt mellom 1486 og 1523. I 1614 bestemte puritanerne, som var misfornøyd med den høykirkelige Westminster Abbey, at den skulle være sognekirke for parlamentet.

Det nordvestlige tårnet ble bygget av John James fra 1734 til 1738, og hele kirken ble kledd i portlandstein. Både den østlige og den vestlige portikoen ble lagt til senere. I 1877 ble interiøret kraftig endret av sir George Gilbert Scott, men mange elementer fra Tudortiden har blitt bevart.

Blant severdigheter i kirken finner man østvinduet fra 1509, med flamsk glassmaleri, som ble satt inn til minne om forlovelsen mellom Katarina av Aragón og Arthur, prins av Wales. Det er også vinduer til minne om William Caxton, Englands første trykker som ble gravlagt i kirken i 1492; sir Walter Raleigh, som ble gravlagt der i 1618, og dikteren John Milton, som tilhørte menigheten.

Kirken brukes til brylluper i de øvre samfunnslag, og blant annet giftet Samuel Pepys og sir Winston Churchill seg der.

I 1987 ble kirken sammen med Westminster Abbey og Westminsterpalasset et verdensarvsted.