Shkodërsjøen (albansk: Liqeni i Shkodrës, serbisk: Скадарско језеро, Skadarsko jezero) er en innsjø på grensen mellom Montenegro og Albania, og er den største innsjøen på Balkan. Innsjøen har fått navn etter byen Shkodër nord i Albania.

Overflaten er seks meter over havnivå, og arealet varierer mellom 370 og 530 kvadratkilometer. Innsjøen får det meste av vannet fra elva Morača og renner ut i Adriaterhavet via den 41 kilometer lange elva Bojana, som danner grensen mellom Albania og Montenegro den siste halvdelen før den når havet.

Den montenegriske delen av innsjøen og området rundt ble utpekt til nasjonalpark i 1983. I nordvest er det store delta- og sumpområder. Dette er et av de største fuglereservatene i Europa med 270 fuglearter, blant annet noen av de siste krøllpelikanene i Europa. Innsjøen inneholder også mye måke og hegre, i tillegg til store mengder fisk, som karpe, laue og damkaruss. Noen arter vandrer mellom havet og innsjøen, som alminnelig stør, adriatisk stør, stamsild, europeisk ål, havabbor, multer og skrubbe.

I 1996 ble området en del av Ramsar-konvensjonens liste over våtmarksområder av internasjonal betydning.