Kapusinerkrypten (ty. Kapuzinergruft) eller Keiserkrypten (ty. Kaisergruft) er Habsburgfamiliens krypt i Wien. Den ligger i Innere Stadt ved plassen Neuer Markt, under Kapusinerkirken og kloster grunnlagt i 1618 og innviet i 1632, tilhørende Kapusinerordenen. Tolv keisere og nitten keiserinner er gravlagt i krypten.

Det var keiserinne Anna som i 1618 testamentarisk etablerte krypten. Byggingen av den barokke krypten ble innledet i 1622 og tok 11 år. Etter ferdigstillingen i 1633 ble sarkofagene til keiserinne Anna og den tysk-romerske keiser Matthias av Det tysk-romerske rike overført til krypten.

Otto von Habsburg ble gravlagt 16. juli 2011 i Kapusinerkrypten etter rekviemmesse i Stefansdomen. Legeme og hjerte gravlegges etter gammel tradisjon separat. Hjertet ble stedt til hvile i Pannonhalma i Ungarn. Den nest siste begravelsen fant sted 12. januar 2008, da Karl Ludwig av Østerrike (1918–2007), sønn av keiser Karl I av Østerrike-Ungarn, ble bisatt.