Kyoto (japansk: 京都市; Kyōto-shi) er en by i prefekturet Kyoto i Japan. Tidligere var Kyoto hovedstad i Japan (794–1868) før den ble flyttet til Edo (nå Tokyo).

I dag blir Kyoto ansett som Japans uoffisielle kulturhovedstad da 60 % av Japans kulturarv ligger i dette området. Kyoto er byen der Kyoto-avtalen, avtalen om reduksjon av verdens klimagassutslipp, ble vedtatt i 1997.

Kyoto har fem geisha-kvartaler: Gion Kobu (den største), Miyagawa-chō, Ponto-chō, Kamishichiken (den eldste) og Gion Higashi.

I 2015 besøkte 56,84 millioner mennesker byen.