홍무제(1328년~1398년)의 아들 주체가 영락제(1403〜1424년)로 즉위하고 나서, 그는 수도를 난징에서 베이징으로 옮겼고, 1406년 자금성 건축을 시작했다. 14년이 걸린 이 공사엔 100만명 이상의 일꾼을 필요로 했다. 중국 남서부에서 발견되는 고급의 녹나무와 베이징 근처에서 채취되는 큰 대리석 등을 이용하여 지상 최고의 궁전을 지으려 하였다. 정전의 바닥은 특별히 쑤저우에서 구운 “금 벽돌”(金砖,금색의 벽돌)로 포장되었다.

1420년부터 1644년 동안 자금성은 명 왕조의 중심지였다. 그러나 명 후기, 나라의 혼란이 극심해지며 북쪽에서 후금 군대가 몰려오고 내부에서 반란이 발생하였고, 1644년 4월에 순 왕조의 황제라고 자칭한 이자성에 의해 자금성은 함락되었다. 하지만

10월까지, 만주군은 중국의 북쪽에서 패권을 주도했고, 순치제는 중국이 청 왕조의 지배하에 있다고 선언하기 위해 자금성에서 의례를 거행했다. 청의 지배자들은 몇몇 주요한 건물의 이름을 바꾸었는데, “패권”보다는 “조화”를 강조하기 위함이었으며, 이는 건물들의 이름에 중국어와 만주어, 이 두 개의 언어가 섞여있게 만들었다. 또한 궁궐에 샤머니즘적 요소를 불어 넣기도 하였다.

1860년에, 2차 아편전쟁 동안, 영국과 프랑스의 군대는 자금성을 차지했고, 전쟁이 끝날때까지 점령했다. 1900년에 서태후는 1901년까지 자금성이 군대에 의해 점령되도록 내버려둔 채, 의화단 사건 동안 자금성을 도망쳤다.

자금성은 14명의 명나라 황제와 10명의 청나라 황제, 총 24명의 천자를 모셨으며, 자금성은 1912년에 푸이가 퇴위할 때까지 중국의 정치적 중심에 서있었다. 새로운 중국 정부의 허락을 받고, 자금성의 외성은 공용으로 넘겨졌지만, 내성에는 1924년에 쿠데타로 쫓겨나기 전까지 푸이가 거주했다. 1925년에 궁궐 박물관이 자금성 안에 지어졌고, 1937년에 중일 전쟁이 일어나며 자금성 내부의 보물들은 외부로 옮겨졌다. 보물들의 일부는 2차 세계 대전 말에 반환되었지만, 나머지는 장제스의 국민당이 타이완으로 도망치며 1948년에 타이완으로 방출했다. 이 수집품들은 양은 작지만 당시 자금성의 보물들 중 가장 가치가 높은 것들이었고, 1965년까지 창고에 보관된 후, 타이페이의 국립 고궁 박물관에 전시되며 다시 대중에게 공개되었다.

1949년에 중화 인민 공화국이 수립되며, 온 나라가 혁명의 열기에 휩쓸리면서 자금성에도 몇몇 손상이 생겼다. 문화 대혁명 기간 동안에 자금성에 큰 파괴가 일어날 뻔 하였으나, 당시 총리 저우언라이가 궁궐을 보호하기 위해 군대를 보내면서 피해를 거의 입지 않을 수 있었다.

자금성은 중국의 가장 대표적이고 상징적인 궁궐이기 때문에, 1987년에 “명과 청 황제의 궁궐”로서 유네스코 세계 문화 유산에 지정되었다. 현재 자금성은 고궁 박물관이 관리하고 있고, 모든 건물을 1912년 이전 상태로 수리하고 복원하기 위해 16년간의 재건 프로젝트를 진행하고 있다.

최근에는, 자금성 내부에 입주한 상업 기업의 존재가 논란이 되고 있다. 2000년에 오픈한 스타벅스는 반대를 불러일으켰고 결국 2007년 7월 13일에 문을 닫았다. 중국의 언론은 또한 2006년에 외국 방문자에게 가격을 속이기 위해 중국 시민들의 입장은 거부하는 몇몇 기념품 숍에 대해서도 보도한 바 있다.

2017년 도널드 트럼프 미국 대통령이 자금성 내부에서 만찬을 하며, 중화인민공화국 역사상 처음으로 자금성 내부에서 식사를 한 미국 대통령이 되었다.