1707년(강희 48년), 청조 4대 황제 강희제가 옹친왕 윤진에게 하사한 정원이 그 기원이 된다. 윤진이 옹정제로 즉위한 이후 1725년(옹정 3년) 여러 건물이 증축되었고, 정원도 확장되었다.

건륭제의 시대에는 원명원의 동쪽으로 〈장춘원〉(長春園), 남동으로 〈기춘원〉(綺春園)(후에 〈만춘원〉(萬春園)이라고 개칭)이 건설되었다. (이 원명원, 창춘원, 기춘원을 총칭하여, 광의의 원명원이 된다). 창춘원 북쪽에는 예수회 사도의 브노와, 카스틸리오네 등이 설계와 관계되어 분수가 설치된 서양풍의 건물이 지어졌다. 가경제의 시대에도 대규모 수축을 해 양저우로부터 최고급의 창호를 들여왔다. 그리고 〈문원각〉(文源閣)에는 사고전서(四庫全書)의 정본을 소장하였다.

그러나 1856년(함풍 6년)에 발발한 애로호 전쟁(제2차 아편전쟁) 때 베이징까지 프랑스·영국 연합군이 침입하여 철저하게 약탈당하고 파괴되어, 원명원은 폐허가 되었다. 이후 1백년 동안 문화대혁명 등에 의해 원명원은 완전한 폐허로 방치되었다.