არქეოლოგიური მტკიცებულებების თანახმად, კუნძული მუდმივად იყო დასახლებული სულ ცოტა 20 ათასი წელი. სავარაუდოდ ზანზიბარი სახელად მენუფია მოიხსენიება ძველბერძნულ გეოგრაფიულ კრებულ ერიტრეის ზღვის პერიპლში. ჩვენი წელთაღრიცხვით I ათასწლეულში კუნძულს სტუმრობდნენ ინდოელი, არაბი და სპარსი ვაჭრები. 1107 წელს ჩრდილოეთით აშენდა სამხრეთ ნახევარსფეროში პირველი მეჩეთი — კიზიმკაზის მეჩეთი. 1505 წელს მთელი ზანზიბარის არქიპელაგი გადავიდა პორტუგალიის კონტროლ ქვეშ, ხოლო 1698 წელს — ომანის კონტროლ ქვეშ. ყველაზე უფრო დიდ აყვავების ხანას ომანის სასულთნომ მიაღწია XIX საუკუნის პირველ ნახევარში საიდ იბნ სულთანის დროს. 1840 წელს საიდ იბნ სულთანმა გადაიტანა დედაქალაქი სტოუნ-ტაუნში კუნძულ ზანზიბარზე. ზანზიბარი მისი მმართველობის დროს იყო მსხვილი სავაჭრო ცენტრი, სადაც მიმდინარეობდა ვაჭრობა მთელი ინდოეთის უკეანის მასშტაბით, პირველ რიგში მონებით და მიხაკებით, რომელიც მოჰყავდათ პლანტაციებში პირდაპირ კუნძულზე.

საიდ იბნ სულთანის სიკვდილის შემდეგ 1856 წელს ზანზიბარის სასულთნო და ომანის სასულთნო გახდა ორი დამოუკიდებელი სასულთნო. 1890 წელს კუნძული ზანზიბარის შემადგენლობაში გახდა დიდი ბრიტანეთის პროტექტორატი, ხოლო 1963 წლის დეკემბერში მიიღო დამოუკიდებლობა დიდი ბრიტანეთისგან. 1964 წლის დასაწყისში ზანზიბარის რევოლუციის დროს მონარქია ჩამოგდებული იქნა და გამოცხადდა ზანზიბარის და პემბის სახალხო რესპუბლიკა. 1964 წლის აპრილში ზანზიბარი შეუერთდა ტანგანიიკას და გახდა ავტონომიური რეგიონი ტანზანიის სახელმწიფოს შემადგენლობაში.