ანანურის სიმაგრეზე, ან სხვა მასთან დაკავშირებულ საკითხებზე, ადრეულ და მომწიფებულ შუასაუკუნეების ისტორიულ წყაროებში ცნობები არ მოიპოვება, მაშინ როდესაც გვიანფეოდალური ეპოქისათვის რამდენიმე ღირსშესანიშნავი დოკუმენტი მოიპოვება. ასეთი მდგომარეობა გასაგებია, თუ მივიღებთ მხედველობაში იმ გარემოებას, რომ ციხე-სიმაგრე გვიანი წარმოშობისაა.

კომპლექსის ადგილას არ ჩანს ადრეული პერიოდის ნაგებობათა კვალი. ამ ადგილის, როგორც სტრატეგიული პუნქტის მნიშვნელობა გაზრდილა ერთიანი საქართველოს სამეფოს დასუსტების შემდეგ. იგი არაგვის ერისთავების რეზიდენციის ციხე-სიმაგრეს წარმოადგენდა, აქ იყო მათი მთავარი სამლოცველო და საგვარეულო სამარხი, ხოლო მისი არსებობის უკანასკნელ პერიოდში, განსაკუთრებულ გარემოებათა გამო, ერისთავთა რეზიდენციაც აქვე უნდა ყოფილიყო.

პ. ზაქარაიას აზრით, ანანურის კომპლექსში ორი ტაძარზე განთავსებული ორი დიდი სამშენებლო წარწერაა, რომლებიც დაკავშირებულია არა არაგვის ერისთავებთან არამედ მის ძმებთან (მთავარი ტაძრის ეკელსია აგებულია ბარძიმ მდივანბეგის მიერ, ხოლო ღვთაების ტაძრის ბალდაქანი აგებულია ოთარ ერისთავის ძმის ედიშერისათვის). შესაბამისად მეცნიერი თვლის რომ, რადგანაც კომპლექსის ტერიტორიაზე არც სასახლე და არც მასთან დაკავშირებული ნაგებობის კვალიც არ შეიმჩნევა, შესაბამისად „არაგვის ერისთავთა რეზიდენცია დუშეთში იყო და სულ ბოლომდეც“. თუმცა იქვე წერს, რომ, „არაგვის ერისთავთა მუდმივი საჯდომი დუშეთი იყო, მაგრამ საჭიროებისა და შემთხვევის მიხედვით ერისთავები ანანურშიაც ისხდნენ“.

1723 წელს ანანურს თავს აფარებდნენ თეიმურაზი და კახელები ყიზილბაშთა, ოსმალთა და ლეკთა გამუდმებული თარეშის გამო. ვახუშტის სიტყვებით, მათ იქ ყოფნის დროს ლეკნი მოსდგომიან, მაგრამ ვერაფერი დაუკლიათ: „თეიმურაზ და უმეტესნი კახნი დედაწულით და ეპისკოპოსით მივიდნენ ანანურს... ხოლო ლეკნი მოვიდნენ და მოადგნენ ანანურს. მაშინ განამაგრეს კახთა ანანური და ვერა ავნეს ლეკთა და უკუნიქცნენ“.

ამ წლებში ანანური ზარბაზნებით ყოფილა გამაგრებული: „ხოლო მამადყული-ხან შევიდა ანანურს, გამოიღო ზარბაზნები და წარავლინა თელავს“.

ანანურის ციხე ხშირად ექცეოდა ფეოდალური დაპირისპირებების ეპიცენტრში. მსგავსი მოვლენებიდან აღსანიშნავია 1739 წლის ტრაგედია, რომელსაც ვრცლად აღწერს მემატიანე პაპუნა ორბელიანი, რომლის მოთხრობასაც ვახუშტისა და სხვა მემატიანეთა ცნობები ავსებს: როდესაც შანშე ქსნის ერისთავი რუსეთში იყო წასული, არაგვის ერისთავებს მისი ძმის, იესეს ცოლი ყიზილბაშებისათვის გადაუციათ და ნამუსი აუხდიათ. რუსეთიდან დაბრუნებულ შანშეს ოჯახის შეურაცხმყოფელნი სასტიკად დაუსჯია. საკუთარი და ლეკთაგან დაქირავებული ჯარით მისდგომია ანანურის ციხეს, სადაც გამაგრებული ყოფილა არაგვის ერისთავი ბარძიმი ძმასთან ერთად. ბრძოლის შედეგად უამრავი ლეკი და ქართველი დახოცილა. მოალყეებს ვერაფერი გაუწყვიათ და ბოლოს წყალსადენი გადაუჭრიათ. ზაფხული ყოფილა, ციხეში მყოფთ უწყლოდ ძალიან გასჭირვებიათ და იძულებულნი გამხდარან სიცოცხლის შენარჩუნების ფიცის სანაცვლოდ დანებებულიყვნენ. ბარძიმ ერისთავი ჩაბარდა, მაგრამ მისი შვილი არ დანებებია და „შეუპოვარ” კოშკში გამაგრებულა. ქსნელებმა ფიცი დაარღვიეს და ბარძიმი მოკლეს. დაუხოცავთ მისი ოჯახის სხვა წევრებიც; შემდეგ ციხე აუღიათ, „შეუპოვარი” კოშკისათვის ცეცხლი წაუკიდებიათ და შიგ მყოფნი ცოცხლად გამოუწვავთ. არაგველებზე ისე უმოქმედია ამ შემთხვევას, რომ უზარმაზარი შვიდსართულიანი კოშკი ამოუქოლიათ და დამწვართა სამარხად უქცევიათ. მხოლოდ ორასი წლის შემდეგ, 1939 წელს გახსნეს არქეოლოგებმა. მათ საშინელი სურათი წარმოუდგათ თვალწინ, ნახაძრალი სავსე იყო დიდებისა და ბავშვების დამწვარი ძვლებით, იარაღით და სხვადასხვა საოჯახო ნივთებით.[1]

1743 წელს მეფე თეიმურაზ II-მ გააუქმა არაგვის საერისთავო და ანანურის ციხე მეფის ხელისუფლებას დაუქვემდებარა. ამიერიდან იგი მეფის მიერ დანიშნულ მოხელეთა რეზიდენცია გახდა. შემდგომ წლებში ანანურის ციხეს დიდი სტრატეგიული მნიშვნელობა მიენიჭა. სამეფო ხელისუფლება მას სხვადასხვა დანიშნულებისათვის იყენებდა. მაგალითად, როდესაც ირანის ტახტის მაძიებელი შაჰზადა თეიმურაზსა და ერეკლეს ხელთ ჩაუვარდათ, მათ იგი ანანურში დაამწყვდიეს, შემდეგ კი ნადირ-შაჰს მიჰგვარეს.

ამ ხანებში ანანური მთელი ქვეყნის საიმედო სიმაგრედ ითვლებოდა. როდესაც ნადირ-შაჰმა ქართლ-კახეთს ორასი თუმნის გადახდა უბრძანა და გადახდის სურვილსა და უნარმოკლებულმა თეიმურაზმა გაცლა ამჯობინა, მან მთელი სახლობით, დიდებულთა ოჯახებითა და ჯარით ანანურის ციხეს შეაფარა თავი. მეფის ამალაში შედიოდნენ პატრიარქის, ეპისკოპოსის, ბატონიშვილისა და თავადთა ხელქვეითნიც, რაც საკმაოდ საგრძნობ რიცხვს შეადგენდა. მათი დატევა მხოლოდ ქალაქის ტიპის ციხე-სიმაგრეს თუ შეეძლო.

აქ იყო განლაგებული რუსი გენერალი ტოტლებენი მთელი თავისი არტილერიით, როდესაც მას ერეკლე მეფის ტახტიდან ჩამოგდება ჰქონდა განზრახული. 1791 წელს ერეკლე II-ის მიერ ძეთათვის დაწერილ განწესებაში ანანურის ციხე ქვეყნის შვიდ უძლიერეს ციხეს შორის არის მოხსენიებული. მხცოვანმა მეფემ კრწანისის ბრძოლაში დამარცხების შემდეგ ამ ციხეს შეაფარა თავი.