約1000年前 マオリがグリーンストーンを求めてこの地にたどり着いた。ピオピオタヒ（マオリ語で「一羽のツグミ」）と名付けられる。ミルフォードサウンドとタスマン海の境に位置するアニータ湾で、稀少な種のグリーンストーンが発見され、タンギワイ（マオリ語で「涙の水」）と名付けられる。1800年代初頭 ジェームズ・クック船長が、周囲を航海していたが、ミルフォードサウンドの存在には気づかず、発見されていない。1812年 アザラシ漁師のジョン・グロノ船長が、タスマン海で嵐に遭遇し、偶然に逃げ込んだのが、ミルフォードサウンドであった。彼の生まれ故郷であるウェールズのミルフォードヘーブンから、この地名が名付けられた。1877年 スコットランド出身で、ダニーデンの住民だったロナルド・サザーランドが、彼の飼い犬と共にフィヨルドランド周辺を航海した末、ミルフォードサウンドで最初の居住者になる。ミルフォードサウンド沖合で一軒の小屋で生活をした。都市開発を計画し、「都市には郵便局や薬局が必要だ」と手記で述べている。1880年 ロナルド・サザーランドが、ニュージーランドで最も高い滝（1904フィート）のサザーランド滝を発見。後に、ミルフォードサウンドの観光地化を目指して、政府よりサザーランド滝へのアクセス道路の建設の支援を受ける。1888年 サザーランド滝および、ミルフォードサウンドへの道路が、テアナウから開通する。これが、現在のミルフォードトラックである。この翌年に、サザーランドはダニーデンに住んでいた女性エリザベス・サザーランドと結婚し、夫婦ともにミルフォードサウンドで宿舎 "Chalet" の経営を始める。1889年 ウィリアム・ホーマーが、ホーマーサドルを発見。テアナウからミルフォードサウンへより近く、アクセスできる道路の開通の可能性を政府に提言した。1919年 ドナルド・サザーランドがミルフォードサウンドにて死去。残されたエリザベスも、1923年にミルフォードサウンドで死去した。1922年 サザーランド宿舎シャレーがニュージーランド政府によって買収。後にクルーズ事業も始まる。1935年 ホーマートンネルの建築が始まる。1954年 ホーマートンネルが完成。ミルフォードロードの開通で、ミルフォードサウンドへのアクセスが容易になる。1955年 宿舎シャレーがニュージーランド政府が設立したTHC (Tourist Hotel Corporation) の傘下に置かれる。1970年 フィヨルドランド、ダウトフルサウンドで1954年に創業したフィヨルドランドトラベル社（現在のリアルジャーニーズ社）がミルフォードサウンドでのクルーズ事業に参入。1992年 民間THL (Tourism Holdings Ltd.) が政府系THC（2009年からはサザンディスカバリース社）を買収。1995年 海中展望台がオープン（現在のディスカバリーセンター）。もとの計画では、地元大学や研究機関の研究調査のため施設であったが、維持費などの考慮から観光客向けに観光施設として開設することに決定。