1499年、スペイン人アロンソ・デ・オヘーダとイタリア人のアメリゴ・ヴェスプッチがボネール島に上陸し、スペインの領有と宣言する。先住民のアラワク諸族のカケティオス族が住んでいたが、1515年大勢の先住民が奴隷としてイスパニョーラ島の鉱山の労働力にするため売り飛ばされ、ボネール島は無人島状態となった。1526年、スペイン統治のABC諸島の知事ファン・デ・アンプスは、牛やロバ、ヤギ、馬、豚などの畜産をボネール島で始め、ボネール島から居なくなったカケティオス族の一部やベネズエラから多くのインディオを島に連れて来て、牛などの畜産の労働力として働かせた。その結果、家畜として島に導入した、牛などの動物の数がボネール島の人口を上回っていた。その後、オランダはポルトガルと塩の供給も始めたが、スペインが停止している。またボネール島は100年間流刑地ともなる。スペインは南米の植民地の大勢の囚人（ブラジルのポルトガル人受刑者も含む）をボネール島に送った。1623年、オランダ提督ボウデビン・ヘンドリクスが島に町を建設した事で、スペイン人受刑者は町に住む様になり、ポルトガル人の受刑者はオランダ西インド会社の船に乗り、島を放棄した。1568年から1648年まで、スペインとオランダは、八十年戦争と呼ばれる長期間の戦争を行った。1633年、シント・マールテン島の領有を失ったオランダは、その報復として、ボネール島、アルバ島、キュラソー島に艦隊を送って攻撃し、領有。ボネール島は1636年にオランダにより征服された。1639年、オランジェ砦を建設。オランダ西インド会社により植民地化され、オランダ初の奴隷貿易の中心地として、黒人奴隷がトウモロコシのプランテーション農場で働かされた。1791年にオランダ西インド会社は解散され、オランダ政府が引き受けた。1779年以後、フランスやイギリスなどに占領される。

1816年、パリ条約により、この島は再びオランダ領となった。ボネール島は「キュラソー植民地」の一部となり、ウィレムスタッドのキュラソー総督の管轄下に入ることになった。「西インド植民地」の一部となった時代（1828年 - 1845年）もあるが、1845年以後再びキュラソー植民地の一部となっている。

1837年には塩の生産の中心地として繁栄し、黒人奴隷が労働力として働かされていた。奴隷制度は1863年に廃止された。第二次世界大戦中の1940年から大戦直後の1947年まではボネール島はイギリスとアメリカの保護下に置かれ、ドイツ人とナチスに同調するオランダ国家社会主義運動（NSB）のオランダ人メンバー461人をボネール島に移送し、木の小屋で建てた収容所に収容した（なおこの収容所は1952年にリゾートホテルへと変わった）。1955年、フラミンゴ空港建設。

1954年に、キュラソー植民地の自治権が拡張され、オランダの自治領「オランダ領アンティル」（以下「アンティル」）となった。アンティル構成各島では地理的な懸隔や経済的な格差などから、アンティルから離脱して単独の自治領として「独立」しようとする動きが活発であった。2007年の住民投票において、ボネール島ではアンティルからの離脱派が優勢を占めた。2010年10月10日にアンティルは解体され、ボネール島はヨーロッパ大陸のオランダ本土とともにオランダ本国を構成する「特別自治体」となった。