フローレス島にはかつてイツァ族のマヤ王国の首都であるタヤサル（ノフペテン）があった。

1525年、ホンジュラス遠征中のエルナン・コルテスの一行がタヤサルを通過し、カネク王に歓迎された[1]。16世紀にスペイン人はユカタン半島と高地マヤを征服したが、ペテン地方までは手が届かず、イツァ族は独立を保ち続けた。

17世紀になると宣教師が何回か布教を試みたが、成功しなかった[2]。ユカタン総督のマルティン・デ・ウルスアは1697年3月13日にタヤサルを軍事的に征服した[3]。

島はレメディオスと名づけられ、プレシディオ（要塞）が築かれた。スペインからの独立後、1831年に市制を敷くときに、殺された自由主義政治家シリロ・フローレスを記念してレメディオスからフローレスに改名された[4]。