1910年に創設。ブンデスリーガ発足後は、1977年に1部昇格を果たしたが、翌年に2部へ降格、更に降格した年も成績は低迷し3部にまで降格した。そこから徐々にはい上がり、1988年に1部復帰を果たした。1部在籍中にみられた、同じハンブルクを本拠地とするハンブルガーSVとのハンブルクダービーは街を熱狂させた。

その後も1部と2部の往復を繰り返していたが、2002年に2部に降格すると更に低迷し、またもや2シーズン連続の降格という不名誉な結果を残しレギオナルリーガ（3部）へと降格した。こうした低迷期の中でも、2002年にカップ戦で世界王者であったバイエルン・ミュンヘンを破っており、サポーターを大いに喜ばせている。2006年にもカップ戦で4強にまで残った（この際はバイエルン・ミュンヘンに敗北）。その間にも着実に力を付け、2007年には2部へ復帰、2010年には1部復帰を果たした。前半戦こそは11位と比較的大健闘していたが、0-1でアウェーながらも勝利した2011年2月16日のハンブルガーSVとのハンブルク・ダービーを最後に一気に低迷し、最下位に終わり、結局前評判通り、1シーズンで2部に降格した。しかし、序盤戦で失点を恐れない勇猛果敢なサッカーを見せたホルガー・シュタニラウスキ（de）監督の手腕が高く評価され、翌シーズンにはTSG1899ホッフェンハイムに引き抜かれる結果となった。 2015年6月にアーセナルFCを退団した宮市亮が3年契約で完全移籍。移籍金は契約満了のためなし。