La prima fase di costruzione risale al 1100 durante il regno di re Giorgio III (1156-1184) che progettò il sito e fece scavare le prime abitazioni rupestri. La seconda fase iniziò tra la sua morte e il suo matrimonio con la regina Tamara, nel 1186, che ordinò la costruzione di un santuario sotterraneo.

Questo edificio venne utilizzato per resistere all'assalto delle orde mongole. Nel 1203 circa, iniziò la terza fase di costruzione, durante la quale furono costruite molte più abitazioni, nonché le difese, l'approvvigionamento idrico e la rete di irrigazione. Il terremoto che colpì Samstkhe nel 1283 distrusse approssimativamente due terzi della città, espose le stanze alla vista esterna e fece collassare il sistema di irrigazione.

Durante il regno di Beka Jakheli nel tredicesimo secolo la chiesa fu rinforzata e fu costruito un campanile ben visibile dall'esterno. I Persiani, sotto il comando dello Shah Tahmasp I, saccheggiarono il monastero nel 1551 privandolo di tutte le icone di valore e mettendo nei fatti fine alla vita nel monastero.