Venne fondato nel 1419, da Jamchen Chojey (Sakya Yeshe), un discepolo di Tsong Khapa.

Come i monasteri Drepung e Ganden, ospitava tre collegi: Sera Mey Dratsang (1419), dove i monaci ricevevano l'istruzione di base, Sera Jey Dratsang (1435), il più grande, riservato ai monaci pellegrini, specialmente mongoli e Ngagpa Dratsang (1559), dove si insegnava la disciplina Gelukpa.

Nel 1959, Sera ospitava 5000 monaci e sebbene gravemente danneggiato, conserva le strutture originali, ora restaurate.
Attualmente ospita alcune centinaia di monaci.