L'impulso per la moschea ha avuto inizio nel 1966, quando il defunto re Fayṣal bin ʿAbd al-ʿAzīz ha sostenuto l'iniziativa del governo pakistano di costruire una moschea nazionale ad Islamabad durante una visita ufficiale in Pakistan.

Nel 1969 si è tenuto un concorso internazionale, in cui architetti provenienti da 17 paesi hanno presentato 43 proposte. Dopo quattro giorni, è stato scelto l'architetto turco Vedat Dalokay[1]. La costruzione della moschea ha avuto inizio nel 1976 ad opera della Costruzione nazionale del Pakistan, guidata da ʿAzīm Khān e sostenuta dal governo dell'Arabia Saudita per una cifra di 130 milioni di riyāl sauditi (circa 120 milioni di dollari di oggi).

Il re Fayṣal bin ʿAbd al-ʿAzīz è stato determinante nel finanziamento, e sia la moschea che la strada che vi conduce sono state intitolate a lui dopo il suo assassinio, avvenuto nel 1975. La moschea è stata completata nel 1986 e viene usata anche per ospitare l'Università internazionale islamica.

Molti musulmani conservatori hanno criticato il progetto per il suo design e per la mancanza della struttura a cupola tradizionale, ma tutte le critiche sono state messe a tacere dalle dimensioni della moschea.