Sul sito dell'attuale moschea di Ortaköy, in precedenza c'era un piccolo masjid, costruito nel 1720, e distrutto durante la rivolta di Halona Patrona nel 1731.[1] L'attuale moschea, eretta al suo posto, fu ordinata dal sultano ottomano Abdülmecid Ie costruita tra il 1854 e il 1856, sulle rovine del Palazzo Cantemir. I suoi architetti furono il padre e figlio armeni Garabet Amira Balyan e Nigoğayos Balyan, che progettò anche il vicino Palazzo di Dolmabahçe e la moschea di Dolmabahçe, che lo progettarono in stile neobarocco.[2]

La cupola della moschea era originariamente costruita in mattoni. Per via delle crepe sviluppatesi col tempo, è stata ricostruita con cemento. Nel 1894 il terremoto danneggiò la moschea, che nel 1984 subì anche un lieve incendio. Pertanto, la struttura ha subito numerosi lavori di riparazione e restauro nel tempo. Oggi è in buone condizioni.[3]