La moschea Blu di Tabriz venne fatta costruire da Jahan Shah, il regnate di Kara Koyunlu[1] I cui domini comprendevano la maggior parte del moderno Iran, Azerbaigian e Turchia. La moglie di Jahan Shah, Khatun Jan Begum (morta nel 1469), creò una fondazione pia islamica per la costruzione della moschea.[2] Tuttavia, solo pochi anni dopo, Jahan Shah e il suo Kara Koyunlu furono rovesciati da Uzun Hasan dell'Ak Koyunlu e Tabriz fu conquistata.[2] Alla figlia di Jahan Shah, Saleha Khatun, fu consentito di sorvegliare il resto dei lavori di costruzione da parte dei nuovi sovrani.[2] Durante il regno di Yaqub bin Uzun Hasan, "venne completata la cupola del mausoleo-moschea e diverse altre parti principali".[2] Sandra Aube aggiunge: "Alcuni dettagli dell'interno, come pezzi di alabastro dei pannelli e della nicchia (miḥrāb), rivelano che il mausoleo non fu mai completato[3][4].

Sebbene il mausoleo non sia mai stato completato, quando la dinastia safavide assunse il controllo su Tabriz e ne fece la sua capitale, la stessa Moschea Blu venne utilizzata dai nuovi governanti come una moschea durante la prima metà del XVI secolo.[2] Nel 1514, dopo che i safavidi vennero sconfitti alla Battaglia di Cialdiran, gli ottomani occuparono e saccheggiarono Tabriz, compresa la moschea Blu.[2] Aube nota che almeno otto tappeti vennero portati a Costantinopoli,[2] e che, anche se non è noto se i turchi abbiano attaccato la struttura stessa durante la cattura e l'occupazione della Moschea Blu, diversi terremoti hanno danneggiato l'edificio tra il XVI e il XVIII secolo.[2] La moschea fu seriamente danneggiata dal terremoto del 1780.[2][5] Peraltro, nel XVII secolo, era già "completamente distrutta e abbandonata".[2] Nel XIX secolo, gli abitanti di Tabriz saccheggiarono le ultime rovine dell'edificio.[2] Nel XX secolo, durante la dinastia dei Pahlavi, la moschea venne ricostruita.[2] La ricostruzione venne eseguita su progetto e supervisione di Mohammad Reza Memaran Benam, un architetto tradizionalista di Tabriz, sotto il controllo dell'autorità dell'Organizzazione iraniana dei beni culturali.