La terra su cui la città fu fondata, e buona parte dei territori circostanti, caddero sotto la dominazione dell'Impero romano nel 117 d.C. La comunità originale da cui Meknès prese vita è stata identificata come una casba o fortezza dell'VIII secolo. La tribù berbera dei Miknasa vi si stabilì nel X secolo. Nell'XI secolo, gli Almoravidi costruirono una fortezza intorno alla città, che fu rinforzata dagli Almohadi. I Merinidi vi edificarono la madrasa Bou Inania. Il periodo d'oro della città fu sicuramente quello in cui venne riconosciuta come capitale, tra la fine del XVII secolo e l'inizio del XVIII secolo, sotto il dominio di Moulay Ismail ibn Sharif in seguito alla sua ascesa al Sultanato del Marocco. Negli anni 1930 fu la sede di una guarnigione della Legione straniera francese.

La città storica (Medina) di Meknès è stata inserita nella lista dei patrimoni dell'umanità dell'UNESCO.