La tenuta di Heligan fu realizzata nel 1603 da William Tremayne, la cui famiglia era proprietaria di circa 1.000 acri della zona.[1]

I giardini furono creati intorno al 1780-1790 circa da Henry Hawkins Tremayne (1766-1829), curato a Lostwithiel, che ereditò la tenuta.[2]

 Henry Hawkins Tremayne (1766-1829), creatore dei giardini

In seguito, John Hearle Tremayne (1829-1851) realizzò la lunga passeggiata che collegava la tenuta al villaggio di Pentewan, in origine costruita forse per permettere ai cavalli il trasporto del carbone da St Austell.[2] Fu inoltre probabilmente colui che introdusse delle piante subtropicali, creando l'area nota ora come "The Jungle".[2]

Con lo scoppio della prima guerra mondiale, però, i giardinieri che si occupavano della manutenzione della tenuta di Heligan furono chiamati alle armi e molti di loro morirono[2][3][1][4][5] (dei 22 giardinieri, solo 6 tornarono a casa vivi[1]).
Nel 1916, inoltre, la tenuta fu requisita dal Dipartimento di Guerra.[2][1]

Dopo la prima guerra mondiale, morì anche l'ultimo erede maschio della famiglia Tremayne e la tenuta fu così venduta.[6]

Per questi motivi, i giardini furono abbandonati e ben presto furono coperti da una folta boscaglia, che di fatto li cancellò.[2][3][1][4][5][6]

Nel corso della seconda guerra mondiale, la tenuta fu utilizzata invece dall'esercito statunitense.[1]

All'inizio degli anni novanta, il discografico Tim Smit, incaricato da un erede della tenuta, John Willis, visitò Heligan per la prima volta il 16 febbraio 1990[6] e, nella primavera del 1991, iniziò un lavoro da parte di molti giardinieri volontari, grazie ai quali il sito ha potuto essere recuperato e rivitalizzato.[2][3][1][4][5][6]

L'anno seguente, i giardini furono aperti al pubblico.[2][1]