Gli abitanti che fondarono Lemmer si insediarono in un territorio alla confluenza dei fiumi Rien e Zijlroede intorno alla fine del XII secolo, epoca in cui il conte Guglielmo I aveva fatto costruire una fortezza in zona.[1]

Nel 1422, fu costruito a Lemmer un castello per voler di Jan van Beieren.[1][2]

Nel 1521, Carlo di Egmond, duca di Gheldria, fece costruire a Lemmer un fortino in loco.[1]

Nel 1581, nel corso della guerra degli ottant'anni, il villaggio fu conquistato dalle truppe spagnole assieme al vicino villaggio di Sloten.[1]

Agli inizi del XVIII secolo, iniziarono le fortune di Lemmer come porto peschereccio.[2]

Nel 1787, il villaggio fu conquistato da Bernardus Jelgersma[2] e nel 1799, nel corso della guerra che vedeva opposte Francia e Gran Bretagna, Lemmer fu occupato dalle truppe di questo Paese[1].

Nel corso del XIX secolo, con l'insabbiamento del porto di Kuinre, Lemmer iniziò a diventare uno dei più importanti porti pescherecci del Paese.[1] Nel periodo di massimo splendore, il porto di Lemmer contava 146 imbarcazioni.[1]

Nel 1825, molti edifici del villaggio andarono distrutti e molti abitanti morirono annegati a causa della rottura di una diga della zona.[2]

L'attività peschereccia conobbe però il proprio declino con la costruzione, nel 1932, della Grande Diga (Afsluitdijk), che trasformò l'ex-Zuiderzee in un lago, l'IJsselmeer.[1]

Nello stemma di Lemmer, è raffigurato un braccio che esce da una nuvola e che regge una bandiera di color rosso con una croce bianca.[3]

Questo stemma, di origine sconosciuta, è menzionato per la prima volta nel 1695 in un manoscritto di Andries Schoenmaker.[3]