La struttura attuale fu costruita dai Moghul, anche se in quel luogo esisteva già un forte dall'XI secolo. Il forte di Agra era in origine in mattoni ed era noto come Badalgarh, sotto il dominio di Raja Badal Singh, Sikarwar indù Rajput intorno al 1475. Appare per la prima volta nelle fonti nel 1080, quando venne conquistato da un esercito Ghaznavide. Sikandar Lodi (1488-1517) è stato il primo sultano di Delhi che si trasferì ad Agra e visse nel forte. Governò il paese da qui e Agra assunse l'importanza di seconda capitale. Morì nel forte nel 1517 e suo figlio, Ibrahim Lodi la tenne per nove anni fino a quando fu sconfitto e ucciso a Panipat nel 1526. Diversi palazzi, pozzi e una moschea sono stati costruiti da lui durante il suo regno.

 Diwan-i-Aam

La tomba di Lodi fu costruita con la stessa pietra del Forte di Agra[1].

Dopo la prima battaglia di Panipat, nel 1526, il vittorioso Babur si stabilì nel forte, nel palazzo di Ibrahim Lodi. Egli successivamente vi costruì un pozzo a gradini. L'imperatore Humayun venne incoronato nel forte nel 1530 ma venne poi sconfitto a Bilgram, nel 1540, da Sher Shah. Il forte rimase poi nelle mani dei Suri fino al 1555, quando Humayun lo riconquistò. Il generale di Adil Shah Suri, Hemu, riconquistò Agra nel 1556 ed inseguì i governanti fino a Delhi dove si scontrò con i Moghul nella Battaglia di Tughlaqabad.[2]

 Sheesh Mahal, Forte di Agra: effetti prodotti dalle candele nello Sheesh Mahal, Forte di Agra.

Compresa l'importanza della sua posizione centrale, Akbar ne fece la sua capitale e arrivò ad Agra nel 1558. Il suo storico, Abu'l-Fazl, scrisse che il forte in mattoni noto come Badalgarh era in condizioni di rovina: Akbar lo fece ricostruire con arenaria rossa proveniente da Barauliu, in Rajasthan. Gli architetti fecero le fondazioni ed usarono mattoni nel nucleo interno e arenaria per le superfici esterne. Circa 4.000 uomini lavorarono tutti i giorni per otto anni e il forte fu completato nel 1573.[3]

Ma soltanto durante il regno del nipote di Akbar, Shah Jahan, il sito raggiunse l'attuale struttura. A differenza di suo nonno, Shah Jahan tendeva a costruire edifici in marmo bianco. Egli distrusse alcuni degli edifici precedenti all'interno del forte per costruire il suo.

Alla fine della sua vita, Shah Jahan venne deposto da suo figlio Aurangzeb. Si dice che Shah Jahan morì nella Muasamman Burj, una torre in marmo bianco con un balcone che dava sul Taj Mahal: la vista era proprio sul bellissimo mausoleo che la leggenda vuole che Shah Jahan abbia costruito in memoria della moglie, Mumtaz Mahal.

Il forte venne invaso e conquistato dall'impero Maratha nei primi anni del XVIII secolo. Successivamente, passò più volte di mano tra i Maratha e i loro nemici. Dopo la catastrofica sconfitta alla terza battaglia di Panipat, ad opera di Ahmad Shah Abdali nel 1761, i Maratha rimasero fuori dalla regione per il successivo decennio. Infine Mahadji Shinde prese il forte nel 1785. Venne poi perso dai Maratha in favore dei britannici durante la seconda guerra anglo-Maratha, nel 1803.

Il forte fu teatro di una battaglia nel corso della ribellione indiana del 1857, che portò alla fine del dominio sull'India della British East India Company, e portò ad un secolo di dominio britannico.