La storia delle Filippine è probabilmente cominciata 30 000 anni fa con l'arrivo dei primi uomini sulle isole dell'arcipelago.[1] Il primo europeo a sbarcare, il 16 marzo 1521, fu il portoghese Ferdinando Magellano che approdò sull'Isola di Homonhon a sud-est dell'isola di Samar e che rimase ucciso il 27 aprile di quell'anno sull'isola di Mactan a opera di locali guidati dal re Lapu-Lapu.

La colonizzazione spagnola vera e propria iniziò con l'arrivo nel 1565 della spedizione di Miguel López de Legazpi che occupò l'abitato di Cebu[2] fondando la città moderna. Nel 1575 venne fondata la città murata di Intramuros, oggi parte di Manila, dando inizio all'epoca coloniale spagnola sulle isole che durò per più di tre secoli fino all'anno 1898 quando le Filippine vennero occupate dagli Stati Uniti.

 La Giunta delle Filippine, di Francisco Goya (1815)

Gli spagnoli portarono l'unificazione politica dell'arcipelago, precedentemente costituito da isole indipendenti, dando vita così a quella che sarebbe divenuta la comunità delle Filippine. Introdussero inoltre nel Paese elementi della civiltà occidentale, come la stampa e il calendario.

Le Filippine furono dominate come un territorio della Nuova Spagna dal 1565 al 1821, in seguito amministrate direttamente da Madrid. Durante il periodo spagnolo furono fondate numerose città, furono costruite infrastrutture, furono introdotte nuove colture e bestiame e il commercio divenne fiorente. I missionari spagnoli convertirono la maggior parte della popolazione al Cristianesimo e vennero fondate scuole, università e ospedali in tutto il Paese.

La Rivoluzione filippina contro la Spagna ebbe inizio nel mese di aprile del 1896 e culminò due anni più tardi con una proclamazione di indipendenza e la costituzione della Prima Repubblica delle Filippine. Tuttavia con il Trattato di Parigi del 1898, che pose fine alla Guerra ispano-americana, il controllo delle Filippine venne trasferito agli Stati Uniti.

 Emilio Aguinaldo, il primo presidente delle Filippine, con Manuel Quezón, primo presidente del Commonwealth delle Filippine

L'accordo non venne però riconosciuto dal Governo filippino, e dopo l'arrivo a Manila di una flotta statunitense il 2 giugno 1899 dichiarò guerra agli Stati Uniti[3]. La Guerra filippino-americana causò ingenti perdite umane ai filippini[4]. Il leader filippino Emilio Aguinaldo fu catturato nel 1901 e il Governo degli Stati Uniti dichiarò il conflitto ufficialmente concluso nel 1902. I leader filippini, per la maggior parte, dichiararono fedeltà agli statunitensi, ma la guerriglia continuò fino al 1913. La dominazione coloniale statunitense delle Filippine iniziò nel 1905 ponendo forti limitazioni all'amministrazione del Governo locale.

Una parziale autonomia (Commonwealth status) venne concessa nel 1935. Ma i lavori preparatori per la piena sovranità vennero interrotti dall'occupazione giapponese delle isole durante la Seconda guerra mondiale (1942-1945)[2]. La piena indipendenza dagli Stati Uniti fu concessa nel 1946.

Tra il 1948 e il 1954 l'Hukbalahap, un'insurrezione contadina di ispirazione comunista nata dalla resistenza all'occupazione giapponese, ha combattuto contro il governo filippino e le milizie dei grandi proprietari terrieri. Nel marzo 1948, il Partito Comunista e l'Hukbalahap furono dichiarati fuorilegge. Il numero dei militanti, stimato in 15.000, è diminuito drasticamente dal 1954 dopo le offensive governative. Il governo filippino ha utilizzato unità specializzate nella contro-insurrezione, che hanno diffuso il terrore tra la popolazione civile delle aree rurali sospettate di simpatie per la ribellione. Con l'assistenza militare statunitense, compreso il supporto psicologico, il governo riuscì a indebolire il movimento, che scomparve negli anni Sessanta.[5]

La classe politica era composta da uomini spesso compromessi con i giapponesi, a partire da Manuel Roxas, eletto presidente nell'aprile 1946. Al contrario, ai deputati della resistenza all'occupazione giapponese fu vietato di sedere al Congresso per garantire la maggioranza necessaria all'adozione, nell'estate del 1946, di un emendamento costituzionale indispensabile per l'applicazione di una legge favorevole agli interessi economici americani. Nelle zone rurali, i grandi proprietari terrieri facevano coltivare i loro poderi da mezzadri con condizioni di vita miserabili. Si appropriano di una quota considerevole dei raccolti - di solito la metà - e spesso diventano i creditori di questi contadini fortemente indebitati. Le controversie tra proprietari terrieri e contadini sono frequenti e le autorità le risolvono con una parzialità che esaspera ancora di più questi ultimi.[5]

Con una promettente economia nel periodo post-bellico, le Filippine, sul finire degli anni sessanta e l'inizio degli anni settanta, registrarono l'aumento dell'attivismo studentesco e dei disordini civili contro la corrotta dittatura del Presidente Ferdinand Marcos, che dichiarò la legge marziale nel 1972[2].

A causa degli stretti legami con gli Stati Uniti, il Presidente Marcos ne ottenne il sostegno, nonostante nella sua amministrazione fosse presente una massiccia corruzione, oltre a violazioni dei diritti umani. La Rivoluzione del Rosario del 1986, tuttavia, portò alla cacciata di Marcos (che abbandonò Manila a bordo di un elicottero militare e arrivò infine alle Hawaii dove venne esiliato fino alla sua morte) e si assistette al ritorno alla democrazia.

Da allora il Paese si è avviato sulla strada della democrazia[6], mentre l'economia è cresciuta ad una media del 3,66% annuo tra il 1982 e il 2016, con un picco del 12,4% nel quarto trimestre del 1988.[7].