Fondazione in epoca incaica  La pietra dei dodici angoli in calle Hatun Rumiyuq.

Due leggende indigene attribuiscono la sua fondazione a un essere leggendario chiamato Manco Cápac, insieme con sua sorella e consorte Mama Ocllo, diventato poi suo primo imperatore. In entrambe si afferma che il luogo fu rivelato dal dio sole (Inti) dopo una peregrinazione incominciata a sud della valle sacra degli Inca in cerca del luogo esatto. Con i dati archeologici e antropologici si è ricostruito il vero processo di occupazione di Cusco. Il consenso degli studiosi ritiene che in seguito al collasso del regno di Taypiqala si produsse la migrazione del suo popolo. Questo gruppo, di circa 500 uomini, si era stabilito gradualmente nella valle del rio Huatanay, processo che culminò con la fondazione della città di Cusco. Non si conosce la data approssimativa, però si è in accordo sulla zona dove era ubicata la città, abitata già 3000 anni fa.

Cusco appariva come la città abitata più antica di tutte le Americhe. Fu la capitale e la sede del governo del regno degli Inca e continuò a esserlo nelle fasi iniziali dell'epoca imperiale, diventando la città più importante delle Ande. Questo centralismo le diede peso diventando così il principale centro culturale e centro del culto religioso. Si attribuisce al governante Pachacutec di aver fatto di Cusco un centro spirituale e politico. Pachacútec arrivò al potere nel 1438 e sia lui sia suo figlio Túpac Yupanqui dedicarono 5 decenni all'organizzazione e conciliazione di differenti gruppi tribali sotto il loro dominio, tra cui i Lupaca e i Colla. Durante il periodo di Pachacútec e Túpac Yupanqui, il dominio di Cusco arrivò fino a Quito (nell'attuale Ecuador) al nord e fino al rio Maule al sud, integrando culturalmente gli abitanti per circa 4.500 km di catena montuosa.

Si crede che il disegno originale della città di Cusco sia opera di Pachacutec. La mappa di Cusco antica ha la forma di un puma, (animale molto importante per il popolo) con la piazza centrale (Haucaypata) nella posizione occupata dal petto dell'animale. La testa dell'animale sarebbe ubicata nella collina dove si trova la fortezza di Sacsayhuamán. Gli Inca organizzarono la loro divisione amministrativa in modo che i confini delle quattro regioni dell'impero coincidessero con la piazza centrale di Cusco.

La città, situata al centro della cordigliera a un'altitudine di circa 3.000 metri, all'arrivo degli spagnoli era una delle più importanti città del mondo. Dalle sue rovine si è potuto risalire all'urbanistica dell'antica città, con le sue tipiche terrazze a scalinate, utili per facilitare l'irrigazione delle colture. Una rete di canali, acquedotti e dighe costruiti lungo la catena montuosa svolgeva il compito di fornire l'acqua necessaria all'attività, diversificata al punto da comprendere una sessantina di specie vegetali, su una terra resa fertile grazie al concime di guano trasportato dalla costa. Venivano inoltre allevati lama e alpaca, da cui si ricavava una lana pregiata. Le terre erano suddivise in tre gruppi: il primo riforniva i magazzini pubblici situati lungo le strade principali e utilizzati a uso della nobiltà, dei lavoratori, dell'esercito e in caso di emergenza; il secondo produceva prodotti per il clero e i loro collaboratori; il terzo gruppo produceva per il consumo dei contadini.[1]

Fondazione spagnola del Perù  Calle Mantas, sulla destra si apprezza il campanile della Chiesa e del Convento de La Merced. Vista della città da Sacsayhuamán.

I conquistadores spagnoli sapevano, fin dal loro arrivo in quello che adesso è il territorio peruviano, che il loro obiettivo era conquistare la città di Cusco, capitale dell'impero. Dopo la cattura di Atahualpa a Cajamarca, incominciarono il loro cammino verso Cusco, fondando nel tragitto diverse città.
I combattimenti per la conquista della capitale furono sanguinosi e alla fine i conquistadores vinsero. Il 15 novembre del 1533 Francisco Pizarro rifondò, secondo l'usanza spagnola, la città di Cusco, ponendosi nella piazza principale degli Inca, la centrale Plaza de Armas circondata dai palazzi che furono dei sovrani Inca. Nella parte nord incominciò la costruzione della cattedrale. Francesco Pizarro diede a Cusco la denominazione di «Cusco, città nobile e grande» il 23 marzo 1534.
I superstiti dell'Impero Inca continuarono le ostilità durante i primi anni di colonizzazione; nel 1536 Manco Inca incominciò la sua opposizione e creò la dinastia degli Inca di Vilcabamba: questa dinastia finì nel 1572 quando l'ultimo re Túpac Amaru fu sconfitto, catturato e decapitato.

La città si trasformò in un importante centro commerciale e culturale delle Ande centrali posto sul tragitto della strada che da Lima porta a Buenos Aires. Tuttavia l'amministrazione del vicereame preferì la localizzazione di Lima (fondata due anni dopo Cusco, nel 1535) principalmente per la sua vicinanza con il porto naturale di Callao per stabilire la testa dei suoi domini in Sud America. La città è menzionata nella prima mappa conosciuta del Perù.
Cusco venne decretata capitale dell'amministrazione del vicereame nel sud del paese, essendo all'inizio la località più importante, a detrimento delle città di Arequipa o Moquegua. La sua popolazione era composta principalmente di indigeni, partecipanti all'aristocrazia incaica ai quali furono mantenuti alcuni di quelli che erano stati i propri privilegi. Inoltre in città si trasferirono un certo numero di spagnoli. In quell'epoca ebbe quindi inizio il processo di meticciato culturale che tuttora contraddistingue la città.

Lo sviluppo urbano fu interrotto da vari terremoti che in più di una occasione distrussero la città. Nel 1650 un terremoto distrusse tutte le costruzioni coloniali. Durante quel sisma assunse una grande importanza l'effigie di Señor de los Temblores che ancora adesso è portato annualmente in processione. Nel 1780 la città di Cusco fu sconvolta dal movimento incominciato dal cacique (indigeno quechua) José Gabriel Condorcanqui, conosciuto come Túpac Amaru II, che si sollevò contro l'amministrazione spagnola. La sua azione fu soffocata dopo vari mesi di lotta, in cui egli fu messo in scacco dalle autorità del vicereame appostate a Cusco. Tupac Amaru fu vinto, fu fatto prigioniero e sottoposto a esecuzione, insieme con tutta la sua famiglia, in Plaza de Armas a Cusco. Ancora adesso sussiste sul lato della chiesa della Compagnia di Gesù la cappella che servì da processo; il suo movimento si espanse rapidamente in tutte le Ande e marcò l'inizio del processo di emancipazione del Sud America.

Nel secolo XIX si ha un altro sollevamento contro l'amministrazione del vicereame, avvenuto a Cusco. El brigadier Mateo Pumacahua, meticcio di Cusco, che inizialmente aveva affrontato Tupac Amaru II, avviò un'altra sollevazione assieme al fratello Angulo, per ottenere l'indipendenza del Perù: anche questo sollevamento fu soffocato.

Epoca repubblicana  Vista complessiva di Cusco. Incisione antica

Il Perù dichiarò la sua indipendenza nel 1821 e la città di Cusco mantenne la sua importanza all'interno dell'organizzazione politico-amministrativa del Perù. Si creò il dipartimento di Cusco, che abbracciava tutti i territori amazzonici fino al confine con Brasile; la città fu la capitale di detto dipartimento e la città più importante del sud-est andino.

A partire dal XX secolo la città incominciò uno sviluppo urbano a un ritmo maggiore rispetto a prima. La città si espanse nei vicini distretti di Santiago e Wanchaq. Nel 1911 partì dalla città la spedizione di Hiram Bingham che scoprì le rovine incaiche di Machu Picchu.

 Strade del centro di CuscoOnorificenze assegnate alla città di Cusco Nel 1933 il congresso americanista (avvenuto nella città di La Plata, Argentina) dichiarò la città capitale archeologica dell'America. Successivamente, nel 1978, la settima Convención de Alcaldes de las Grandes Ciudades Mundiales (tenutosi a Milano) dichiarò Cusco come Herencia Cultural del Mundo. Finalmente l'UNESCO, a Parigi, dichiarò la città e specialmente il centro storico come patrimonio culturale dell'umanità (9 dicembre 1983). In concordanza lo stato peruviano dichiarò Cusco il 22 dicembre 1983, con la Legge n. 23765, capitale turistica del Perù e patrimonio culturale della nazione. La costituzione politica del 1993 ha dichiarato Cusco "capitale storica del Perù".