Antesignano dell'attuale santuario fu una modesta cappella eretta nella medesima località nel XII secolo, dotata di cupola appuntita, e consacrata nel 1134 come Basilica Chunigesee. Nel 1522 un breve pontificio l'autorizzò ad essere sede di acquisizione d'indulgenze.

Nel 1697 e 1698 venne distrutta ed un'altra eretta al suo posto. Ulteriori migliorie furono introdotte nel XVIII secolo per disposizione del principe-prevosto di Berchtesgaden Cajetan Anton Notthafft von Weißenstein.[1]

Il re di Baviera Ludovico II fece restaurare a sue spese l'allora pericolante cappella, che venne quindi riconsacrata il 25 luglio 1868.[2]

L'allora Gemeindefreies Gebiet di San Bartolomeo e il vicino casino di caccia, venne considerato un'exclave dell'area amministrativa del Königssee e nel 1978 fu incorporato nel territorio comunale di Schönau am Königssee