Fu probabilmente fondata nel IX secolo ed alla fine del XII secolo divenne capitale del regno Malla[1] con Ananda Malla. Fu costruita a forma di triangolo ai cui estremi sorgevano tre templi dedicati al dio Ganesh, protettore della città. A partire dal XVI secolo Bhaktapur dominò politicamente ed economicamente il Nepal e fu un importante centro di transito carovaniero sulla rotta tra India e Tibet[2]. In questo periodo fiorì anche come centro commerciale e la città si espanse nella zona dell'attuale Piazza Durbar.

Sul finire del XVIII secolo sotto il regno di Bhupatindra Malla la città ebbe il suo apice contando ben 172 templi e monasteri, 77 cisterne, 172 rifugi per pellegrini e 152 pozzi.[2] Con la conquista di Prithvi Narayan Shah nel 1768[2] la città perse il ruolo di dominio sul Nepal ma si mantenne a lungo indipendente.

Il terremoto del 1934 distrusse diversi edifici che successivamente furono ricostruiti. Negli anni '70 grazie ad un finanziamento tedesco la città venne restaurata e dotata di moderni servizi essenziali.

  Lo stesso argomento in dettaglio: Terremoto del Nepal del 25 aprile 2015.

Il terremoto del 25 aprile 2015 ha danneggiato ben 116 siti storici della città. 67 sono stati pesantemente danneggiati, 49 solo in maniera parziale. Il terremoto ha colpito piazza Durbar forse il luogo più significativo della città. Chi edifici comunali: tempio di Rameshwor, Batsala, Narayan, Siddilaxmi, Biswaroopa, Siddiganesh, Sweetbhairav, Siva Mahadev, Degaina, Sattal, Pati e Pujari Mathas sono stati anche danneggiati. Si stima che per la ricostruzione e il ripristino dei danni siano necessari oltre 293 milioni di Rupie nepalesi.[3]