Durante la guerra dei cent'anni (1337-1453), l'abisso potrebbe aver costituito un rifugio per gli abitanti del villaggio di Padirac, completamente raso al suolo nel corso del conflitto dagli Inglesi.[1] Secondo la leggenda, gli stessi Inglesi vi avrebbero nascosto dei tesori arraffati nel corso del conflitto[1] Un documento del XVI secolo parla poi dell'estrazione di salnitro in loco.[1]

Negli anni sessanta del XIX secolo numerosi avventurieri si addentrarono all'interno dell'abisso di Padirac.[1] Tra i vari tentativi, vi fu quello effrettuato nel 1867 dal conte Murat e da De Salvagnac, che si calarono all'interno con l'ausilio di una corda.[1]

La scoperta del complesso di grotte si deve però all'avvocato trentenne Édouard-Alfred Martel, considerato il padre della speleologia moderna, che si addentrò nei cunicoli assieme a tre amici Gabriel Gaupillat, Emile Foulquier e Louis Armand, nel luglio del 1889.[2][1] Dopo essersi di essere stati bloccati da un fiume sotterraneo nel primo giorno di esplorazione[1], i quattro ripresero l'esplorazione il 10 luglio 1889 a bordo di un'imbarcazione chiamata "Crocodile"[1] e scoprirono quindi varie stalattiti e stalagmiti all'interno del complesso.[1]

Il 10 aprile 1899, le grotte furono aperte al pubblico.[3]