Dal 1131 esisteva al posto dell'attuale gruppo di edifici un insediamento di Canonici agostiniani e benedettini fondato dall'arcivescovo di Magonza, Adalberto I.[1] Questi tuttavia furono cacciati da Adalberto per la loro indisciplina e si trasferirono nella basilica di Sant'Egidio a Mittelheim.

Il 13 febbraio 1136 si avverò la fondazione di un convento nel Rheingau, voluta da Bernardo di Chiaravalle. L'abate Rutardo e 12 monaci entrarono nell'edificio già eretto del convento. Il 23 maggio 1186 vi fu la consacrazione della chiesa abbaziale, iniziata nel 1145, da parte dell'arcivescovo Corrado di Wittelsbach, in presenza del vescovo di Münster Ermanno II di Katzenelnbogen, la cui famiglia eresse l'abbazia di Eberbach ad abbazia di famiglia e dal 1311 fece della parte meridionale del transetto della chiesa abbaziale, il cimitero di famiglia.

Verso il 1220 ebbe termine l'erezione dei due edifici romanici dell'abbazia, quello destinato ad ospitare i conversi e l'ospedale. L'abbazia, iniziata da solo 12 confratelli si sviluppò molto rapidamente in una delle maggiori e più importanti abbazie della Germania, dalla quale si svilupparono poi quella di Schönau, presso Heidelberg, nel 1142, quella di Otterberg, nell'Elettorato Palatino (1144), quella di Hocht, successivamente Val-Dieu, presso Liegi, nel 1155, quella di Arnsburg, nel Wetterau (1174).

Dopo la conferma dell'Ordine monastico dovevano vivere nel convento almeno 60 confratelli. Durante il rifiorire delle vocazioni monastiche fra il XII ed il XIII secolo, vivevano ad Eberbach circa 100 monaci e 200 fratelli laici. Essi realizzarono tra i periodi del romanico, gotico e barocco un sistema complesso di edifici abbaziali unico nel suo genere in Germania. In un registro dei beni del 1211, l' Oculus Memoriae è data notizia delle proprietà dell'Abbazia.

I monaci di Eberbach ebbero, anche da un punto di vista economico, un grande successo: delle corrispondenti entrate la fonte principale fu quella dei vigneti. All'inizio del XIII secolo l'Abbazia provvedeva al trasporto sul Reno, persino con imbarcazioni di fabbricazione dei propri fratelli laici, di vino e di sale fino alla città di Colonia.

In un privilegio concesso nel 1162 ad Eberbach da papa Alessandro III, vengono citate una cantina ed una casa a Colonia.[2] All'inizio del XVI secolo alcuni edifici conventuali vennero trasformati in cantine vinicole. Nel 1476 viene citato per la prima volta il vitigno Tauberschwarz.

Durante la guerra dei contadini tedeschi, nel 1525, i ribelli del Rheingau saccheggiarono le scorte dell'abbazia e svuotarono di quasi 2/3 l'enorme botte (capacità circa 71.000 l), detta Das große Eberbacher Fass[3].

Nel 1631, durante la guerra dei trent'anni, le truppe svedesi occuparono il Rheingau e quindi anche l'abbazia. I soldati svedesi e quelli dell'Assia non solo sequestrarono le scorte di viveri ma anche gli arredi ecclesiastici. Un grosso danno lo subì anche la biblioteca abbaziale, la cui consistenza provata, ancora nel 1502, era di 754 libri. Molti di questi furono sottratti e venduti come bottino di guerra, ma la maggior parte andò presumibilmente distrutta. La perdita più significativa fu quella delle opere del filosofo e teologo Meister Eckhart, che a tutt'oggi non risulta ancora che sia stata recuperata.[4] I monaci, che si erano rifugiati a Colonia, rientrarono nel 1635 e si dedicarono alla ricostruzione dell'Abbazia, che, in considerazione dei gravi danni subiti, procedette molto lentamente.

Il secolo XVIII fu segnato dalla ripresa economica. I bilanci annuali documentano, che di nuovo gli utili erano collegati al mercato dei capitali di Francoforte sul Meno. Si giunse anche ad una vivace attività costruttiva.

La decadenza finale ebbe luogo con la rivoluzione francese. Gli elevati costi della guerra ed una politica tedesca nuova dovuta alla Reichsdeputationshauptschluss (1803) condussero al trasferimento della proprietà dell'Abbazia al principe Federico Augusto di Nassau-Usingen, che il 18 settembre 1803 sciolse l'istituzione e costrinse così l'ultimo abate, Leonhard II. Müller von Rüdesheim, ed i suoi confratelli a lasciare il convento.

Dopo la secolarizzazione dei beni ecclesiastici del 1803 il territorio abbaziale passò di proprietà come zona di produzione vinicola dello stato di Nassau-Usingen fino al 1866, poi alla Prussia fino al 1945 ed infine allo stato dell'Assia.

Nei primi anni ebbe luogo la scomposizione del chiostro, e si giunse alla svendita ed alla dispersione dell'inventario abbaziale. I fabbricati vennero adibiti fino al 1912 a prigione. In ragione di un editto del Ducato di Nassau, una parte dell'abbazia venne adibita a manicomio, successivamente Clinica di Psichiatria e Psicoterapia di Eichberg. La clinica psichiatrica rimase ivi fino al 1973.

Durante la guerra fredda Eberbach fu utilizzato dal governo dell'Assia come luogo di fuga in caso di emergenza. Vi furono installate in alcuni locali apparati radio, generatori di corrente e luci di sicurezza.[5]

Nel 1998 vi ebbe luogo il trasferimento di proprietà all'Ente di diritto pubblico, Fondazione dell'Abbazia di Eberbach.

Dopo molteplici lavori di restauro Eberbach funse, fra l'altro, come sede di organizzazione culturale ma anche come sfondo cinematografico (per esempio nel 1985 vi furono girate molte scene del film tratto dal romanzo di Umberto Eco, Il nome della rosa). Hanno Hahn ottenne la sua laurea presso l'Università di Francoforte dissertando sul tema Die Kirche der Zisterzienser-Abtei und die Romanische Ordensbaukunst der Zisterzienser im 12. Jahrhundert. (La chiesa abbaziale cistercense di Eberbach nel Rheingau e lo stile costruttivo romanico cistercense nel XII secolo). Lo scrittore tedesco Berndt Schulz ambientò i suoi romanzi gialli Regenmord (2007) und Die verzauberten Frauen (2011) nell'Abbazia.